第二年，蒙軍繼續騷擾上年侵掠過的許多地區。成吉思汗攻取山後一些州府，進圍西京(今山西大同)，因中流矢，撤退。者別攻入東京(今遼寧遼陽)，大掠而還。
第三年秋，成吉思汗領大軍再越野狐嶺，重陷宣德、德興諸城，在懷來重創金軍，追至居庸關北口。金兵堅守居庸，成吉思汗留部分軍隊繼續攻打，自率主力由紫荊口(今河北易縣西)入關，敗金兵於五回嶺，拔涿(今河北涿州市)、易二州。不久，者別攻取居庸關，進逼中都。蒙軍兵分三路：術赤、察合台、窩闊台為右軍，循太行山而南，掠河東南、北諸州府；成吉思汗弟哈撒兒等為左軍，東取薊(今天津薊縣)、平(今河北盧龍)、灤(今河北灤縣)、遼西諸州；成吉思汗與幼子拖雷為中軍，取河北東路、大名及山東東、西路諸地。木華黎領一軍攻陷密州(今山東諸城)，屠其城。《元史·太祖紀》稱：“是歲，河北郡縣盡拔，唯中都、通、順、真定、清、沃、大名、東平、德、邳、海州十一城不下。”
公元1214年(金宣宗貞祐二年)春，成吉思汗會諸路軍將於中都北郊，以退兵為由，派使臣向金朝索取貢獻。金宣宗遣使求和，進獻衛紹王女岐國公主(成吉思汗納為第四妻)及童男女、金帛、馬匹，並派丞相完顏福興送成吉思汗出居庸關。五月，宣宗見河北、山東州府多已殘毀，恐蒙軍再來，即以完顏福興和參政抹盡忠輔助太子守忠留守中都，自率宗室遷都南京開封府(今河南開封)，史稱“貞祐南遷”。六月，駐於中都南麵的金軍斫答等嘩變，殺其主帥，投降蒙古。成吉思汗得知上述情況，派大將三摸合和金降將、契丹人石抹明安率兵與斫答等共圍中都。金太子守忠立即逃往南京。十月，木華黎征遼東，收降高州盧琮、錦州張錦等。
1215年春，蒙軍陸續收降中都附近州縣金朝將官，擊敗前來救援中都的金軍。五月，完顏福興眼看中都解圍無望，服毒自殺，抹盡忠棄城出逃。蒙軍遂入中都。成吉思汗當時在桓州涼涇避暑，聞報後命石抹明安鎮守中都，遣失吉忽禿忽等登錄中都帑藏，悉載以去。
金由公元1115年建國，至1215年中都失陷，正好100年。它以一個中原大國，竟在五年時間裏被建國未久的成吉思汗打得落花流水，必有它自身虛弱的原因。曆史學家們舉出過許多原因，有民族矛盾、階級矛盾、統治階級內部矛盾、猛安謀克喪失戰鬥力、經濟衰敝，等等。這些原因都存在，但仍難解釋的是，就在成吉思汗攻金前四五年，金朝還從容打敗了南宋韓胄的北伐軍隊，在中都失陷以後又能同蒙古周旋近20年，何以在蒙軍來侵初期了無招架之功?這個問題尚待做深入細致的研究。
對蒙古將士來試，伐金的五年就是恣意掠奪的五年。他們攻城略地，但沒有久駐的念頭，至少在前四年裏成吉思汗還沒有打算把蒙古兀魯思擴展到中原地區。蒙古軍每得一地，都大肆燒殺擄掠。然後把他們掠得的財物、牲畜、人口席卷而走，最終弄到塞北。當時金、夏的統治者已深受漢族儒家文化影響，他們的軍隊無論進行什麼樣的戰爭，都還需要找一些理由，把自己扮成王者之師、仁義之師。成吉思汗的軍隊根本不管也不懂這些，他們隻是赤裸裸地一味搶劫，並且從大汗到士兵各有一份。史籍記載：“其國平時無賞，惟用兵戰勝，則賞以馬或金銀牌或紵絲段，陷城則縱其擄掠子女玉帛。擄掠之前後，視其功之等差，前者插箭於門，則後者不敢入”(彭大雅撰、徐霆疏：《黑韃事略》，《王國維遺書》本)；“凡破城守，有所得，則以分數均之，自上及下，雖多寡每留一分為成吉思皇帝獻。餘物皆敷表有差。宰相等在於朔漠不臨戎者，亦有其數焉”(趙拱：《蒙韃備錄》、《王國維遺書》本)。這樣的軍隊最殘暴，造成的破壞最大。“自貞祐元年(公元1213年)冬十一月至二年春正月，凡破九十餘郡，所至無不殘滅，兩河、山東數千裏，人民殺戮者幾盡，所有金帛、子女、牛羊馬畜皆席卷而去，其焚毀室廬，而城郭亦丘墟矣”(李心傳：《建炎以來朝野雜記》乙集卷二十，《韃靼款塞》，文津閣《四庫全書》本)。漢族理學家劉因記述了保州(今河北保定)被屠的情形：“貞祐元年十二月十七日(1214年1月29日)保州陷，盡驅居民出。……是夕下令：老者殺。卒聞命，以殺為嬉。……後二日，令再下，無老幼盡殺”(《孝子田君墓表》，《靜修先生文集》卷四，《四部叢刊》本)。隻有工匠可以免死，因為他們對蒙古軍隊有用。嚴格地說，這一時期蒙古軍隊從事的隻是抄掠，還不足稱做征服。征服者總要設法守住已征服的地區，而抄掠者總是一走了之，寧可日後再來攻打。隻是由於降附蒙古的契丹、女真、西夏和漢族的人物增多了，成吉思汗及其將領通過他們才逐漸懂得征服要比單純的抄掠更加有利。大約是在攻陷中都以後，成吉思汗開始想到把大蒙古國擴展到中原地區。這年七月，成吉思汗派使臣到開封，曉諭金宣宗獻出河北、山東全部地方，放棄帝號，改稱河南王。宣宗不從，戰爭繼續下去。據統計，迄至秋末蒙軍已攻破城邑862處，但許多州縣無人留守，隨後有的被金收複，有的被趁亂而起的地方豪強或原金朝將官占據。
公元1215年冬，成吉思汗留木華黎攻伐遼東、西諸地，自己率蒙軍主力返回塞北。1216年，成吉思汗駐於克魯倫河行宮，《史集》說“他幸福如願地駐紮在自己的斡耳朵裏”。他一邊休整，一邊注意著遠方的戰事。這年秋天，三摸合率兵經西夏趨關中，越潼關，進拔汝州(今河南臨汝)，一度逼近開封。
公元1217年八月，經過兩年的考慮，成吉思汗終於下決心要變金地為大蒙古國的一部分。他封木華黎為太師國王，對木華黎說：“太行之北，朕自經略；太行以南，卿其勉之。”賜給誓券、黃金印，要木華黎“子孫傳國，世世不絕”。這就是叫木華黎安心專一經略中原，不要再有北歸故土的念頭。他命木華黎統領汪古、弘吉剌、亦乞列思、兀魯、忙兀、劄剌亦兒等部軍和投降過來的契丹、、漢諸軍，又把自己樹建的九尾大旗賜給木華黎。成吉思汗告諭諸將說：“木華黎建此旗以出號令，如朕親臨也。”
木華黎少年時代就是成吉思汗的那可兒，勇敢善戰，受命後全力以赴。金朝自從南遷，重心移到河南，憑借黃河天險，集中諸路軍戶，加強防禦。木華黎避開中堅，先掃外圍，前後分別在東、北、西三方麵用兵。公元1217年，蒙軍自燕南攻拔遂城、蠡州、大名(以上在今河北)，東取益都、淄、萊、登、濰、密諸州(以上在今山東)。1218年西入河東，攻克太原、忻、代、澤、潞、汾、霍、平陽等州府(以上在今山西)。1219年，克岢嵐、石、隰、絳諸州(以上在今山西)。1220年，收降真定(今河北正定)、滏陽(今河北邯鄲南)，略衛、懷、孟三州(在今河南)，東取濟南。1221年夏，克東平(今屬山東)。同年八月，木華黎駐兵青塚(在今內蒙古呼和浩特南，俗稱昭君墓)，由東勝(今內蒙古托克托)經西夏南下，取葭州(今陝西佳縣)、綏德，進圍延安，克洛川、鄜州(今陝西富縣)。1222年冬，取河中府(今陝西永濟)，渡河拔同州(今陝西大荔)蒲城。趨長安(今西安)，不下：西攻鳳翔，又不下。1223年三月，木華黎渡河至聞喜，病卒，年五十四。臨終以未能滅金為憾。
木華黎經略中原六年，正值成吉思汗率大軍西征，留給他的兵力有限，故而與金形成相持局麵。當時河北、山東地主武裝頗多，他們依違於蒙、金之間，互爭雄長，常有反複，蒙、金都要爭取他們，使戰事呈現多元狀態。木華黎留意招集契丹、女真、漢族地主武裝頭目，給他們各種職務，並能聽取他們的意見，改變了蒙古軍隊早先一些做法。例如，史籍記載，公元1220年木華黎以史天倪為權知河北西路兵馬事，史天倪對木華黎說：“今中原已粗定，而所過猶縱抄掠，非王者吊民伐罪意也。且王為天下除暴，豈複效其所為乎!”木華黎稱善，“下令敢有擅剽擄者以軍法從事，所得老幼鹹遣歸之，軍中肅然”(《元史》卷，一四七《史天倪傳》)。這段記載無疑是把事情過於美化了；史天倪究竟是怎樣講的，木華黎能否懂得“王者吊民伐罪”，都是問題。但是，在木華黎時期，蒙軍一味殺掠的做法的確有所收斂，並且引起了金朝的注意。1222年(金宣宗元光元年)六月，金晉陽公郭文振向宣宗上奏：“河朔受兵有年矣，向皆秋來春去，今已盛暑不回，且不嗜戕殺，恣民耕稼，此殆不可測也”(《金史》卷108《胥鼎傳》)。“不嗜戕殺”、“恣民耕稼”和“盛暑不回”，反映出此時中原蒙軍不再是單純的抄掠者，它已按照成吉思汗的意圖轉化為征服者。這一轉化對金朝造成更大的威脅，郭文振所謂“殆不可測”，就是這個意思。
木華黎死後，其子孛魯繼為國王。孛魯按木華黎的方略經營河北、山東，重點依靠降蒙的原漢族地主武裝。公元1226年，宋將、原紅襖軍領袖李全攻克益都，俘蒙古軍元帥、漢人張林，控製了山東東路大部分地區。秋九月，木華黎弟帶孫與嚴實率兵圍益都。冬十二月，孛魯領兵入齊，派人招降李全。次年四月，益都城中糧盡，李全出降。蒙古一些將領主張殺掉李全，孛魯則表示應留李全以勸山東未降者，便以李全為山東淮南楚州行省。繼而攻克滕州，盡有山東全境。與之同時，成吉思汗率領征西夏大軍進入金地，攻破臨洮、信都、德順等府州。金朝眼看兩麵受敵，形勢危急，恰遇成吉思汗病逝，孛魯北上奔喪，次年病死於漠北，給了金朝喘息的機會。
金宣宗南遷
泰和八年(1208年)，金章宗病死，由世宗第七子允濟嗣位，是為衛紹王。此時，成吉思汗領導下的蒙古汗國已對金朝形成了嚴重的威脅。大安三年(1211年)二月，成吉思汗聚兵南下，發動了大規模的侵金戰爭，腐朽的金王朝在蒙古軍隊的進攻下不堪一擊。九月，參知政事完顏承裕所率數十萬金軍在會河堡(今河北萬全南)一役中幾乎全被消滅。蒙古軍直達中都城下，衛紹王下令中都戒嚴，朝廷上有人主張棄城逃跑，但多數臣僚認為應該利用中都堅固的城防死守。衛紹王采納了守城的建議，一麵在城內作防禦的準備，一麵詔令各地金兵入衛中都。蒙古軍屢攻不下，隻得於當年年底從中都撤圍。
至寧元八年(1213年)八月，金右副元帥紇石烈執發動宮廷政變，殺死衛紹王，迎立世宗孫完顏珣入朝即位，是為宣宗。就在這時，蒙古又一次發動了對金朝的進攻，很快進逼居庸關下，而後繞過中都向南突破紫荊關，乘勝攻占涿州(今河北涿縣)和易州(今河北易縣)，打開了南進中原的大門。從宣宗貞祐元年(1213年)秋到二年(1214年)春，蒙古騎兵幾乎踏遍了黃河以北的中原大地，這一地區的金朝州府隻有中都、通(今北京通縣)、順(今北京順義)、真定(今河北正定)、清(今河北清縣)、沃(今河北趙縣)、大名(今河北大名)、東平(今山東東平)、德(今山東德州東南)、邳(今江蘇睢寧西北)、海州(今江蘇連雲港西南)等十一城未下，其餘全被蒙古軍隊擄掠一空。貞祐二年(1214年)二月，蒙古諸軍在橫掃中原後，又集中到中都城北，金朝派駐居庸關北口的契丹人論魯不兒率軍投降，蒙古軍遂進入居庸關，中都再次被圍。三月六日，宣宗派都元帥完顏承暉前去議和，蒙古奴隸主貴族在幾年來的對金戰爭中，一直以擄掠奴隸、財物和牲畜為主，無意於占領金朝的領土，因此成吉思汗同意了金朝的求和，並提出以下要求作為議和條件：金朝向蒙古獻納童男女各500名，繡衣3000件，禦馬3000匹和大批的金銀珠寶，並把衛紹王女岐國公主獻給成吉思汗，以表示對蒙古的臣服。金宣宗對這些條件全部接受，和議於是達成，同月，蒙古撤軍北退。
蒙古雖然暫時退兵，但還有隨時再來的危險，中都兩度被圍，使得君臣們心有餘悸，因此從蒙古撤兵之日起，朝廷內就開始醞釀遷都南京(今河南開封)的意見。元帥左都監完顏弼向宣宗進言說，南京北有黃河可以阻擋蒙古，南有淮水可以抵禦宋朝，西有潼關可以對西夏設防，乃是都城的最佳所在。參知政事耿端義也力主南遷，南京留守仆端連上三表，促請宣宗南幸。反對南遷的大臣以左丞相徒單鎰和宗室霍王從彝為代表，他們認為，如果放棄中都，河北肯定就守不住了，丟了河北、南京之外再也沒有退路。但在四五月間，徒單鎰和霍王從彝卻突然相繼死去，宣宗遂決意南遷。五月十一日，宣宗正式下詔遷都南京，太學生趙等400人上書極言利害，反對遷都，宣宗一概不聽。十八日，宣宗車駕離開中都。作為金朝都城長達六十一年的中都終於被放棄了。