但是，黑旗軍、義軍經過長時間戰鬥，人力、物力消耗太大，又得不到外援，彈藥將盡。而日本大本營為支援近衛師團，已從遼東半島抽調了第二師團以及國內的後備部隊、要塞炮兵及憲兵隊等共2萬多人，於11日到達台北。在這種嚴重形勢下，義軍決定攻城，希望奪回彰化，以扭轉戰局。
23日，各路義軍向彰化發動總攻。日軍負隅頑抗，終不能克。24日，黃榮邦率部猛攻炮台，不幸中彈犧牲。25日，林義成率部再戰，亦受重傷。其後，日軍大隊反攻，蕭三發指揮部隊力戰，受重創。徐驤、簡精化率義民往援，由於損失慘重，彈藥告竭，實力大減，已無力再攻彰化。從此，義軍隻得采取守勢。
台南之戰
日軍得彰化，大規模南進，謀取台南。日軍在海上集結兵力，配合陸軍進攻，水陸並進，夾擊台南。
1日軍南犯
9月16日，日軍在台北東瀛書院成立了南進軍司令部，統一籌劃進攻台南事宜。日軍南進軍的總兵力約4萬人，其作戰部署是：以北白川宮能久親王率近衛師團主力約1萬5千人，從彰化南下，經嘉義，由陸路直撲台南。由遼東半島調來的第二師團主力約2萬5千餘人，在師團長乃木中將的率領下，由海路進攻台南。第二師團主力兵分兩路：其第四混成旅團主力約1萬3千餘人，在旅團長伏見率領下，於嘉義西部布袋嘴港登陸，沿海邊直撲台南前側；其第三旅團主力約1萬3千人，由山口少將率領，在枋寮登陸，經鳳山(今高雄縣)向台南後背進擊。海軍配合陸軍攻擊安平、打狗等要港。
10月1日，日軍近衛師團攻擊蕭三發的隊伍。蕭三發率眾力戰，身負重傷。徐驤和簡精華率義軍鼎力相助，相持數日，最後義軍彈盡糧絕，被迫後退。日軍遂兵分三路南進。
5日，王德標所部義軍在西螺溪、中浮州等處迎擊日軍，接戰不久，即經堯平退至鬥六鎮。6日晨，日軍進犯西螺鎮，義軍廖三聘在鎮內堅持抵抗，與日軍展開巷戰。日軍縱火圍攻，義軍敗退，西螺鎮失陷。7日，日軍相繼占領鬥南鎮、土庫莊，並向鬥六鎮發起攻擊。義軍兵單，主動撤退，鬥六鎮也於當日失陷，義軍各部撤至大莆林。8日，日軍乘勝攻擊大莆林。義軍分路禦敵，日軍付出了很大代價，近衛師團第二旅團長山根少將身負重傷，不久死去。義軍力量單薄，日軍再次攻陷大莆林，直指嘉義。
2嘉義地雷戰
8日，日軍兵臨嘉義城下。早在日軍到來之前，守將王德標與徐驤、林義成等商議，日軍來勢凶猛，無法硬拚，決定巧設地雷陣，以消耗敵人有生力量。他們事先在城外義軍營地中埋設眾多地雷，並進行偽裝。布置停當，義軍撤入城內，徐驤、林義成率部分義軍埋伏營地兩側。當晚日率到來之時，義軍放了一陣槍，佯裝敗退入城。日軍以為義軍退走，即占據義軍營地宿營。半夜，王德標派人潛至營地，點燃地雷藥線，各處地雷連續爆炸，炸死炸傷日軍七百餘人，能久親王身受重傷，不久也死去，義軍大勝。
9日，被激怒的日軍集中炮火猛轟嘉義城，集中兵力向嘉義城發動總攻。徐驤登上城樓，持刀指揮作戰。總兵柏正才、守備王德標以及義民領袖簡精華父子均率部力戰，雙方傷亡慘重。義軍首領柏正才、劉步升、楊文豹等人壯烈犧牲。午後，日軍破西門，湧入城內。城內義軍一麵奮力抗擊，一麵奪路衝殺，冒著猛烈的炮火衝出重圍，退至城外。嘉義縣城失守，王德標和徐驤等退守曾文溪。
3保衛台南
正當嘉義保衛戰激烈進行時，日本南進軍司令官高島鞆之助由基隆到達澎湖，部署近衛師團和第二師團水陸合攻台南。
10月10日，近衛師團由嘉義向台南進犯，第四旅團在布袋嘴登陸。11日，第三旅團在枋寮登陸，海軍同時出動六艘軍艦進攻打狗港。
在日軍的三麵圍攻之下，形勢對義軍越發不利。義軍經過4個多月的浴血奮戰，傷亡嚴重，餉彈缺乏，孤軍奮戰，反割台鬥爭已處於十分危急時刻。這時，曾嚴拒日軍誘降的劉永福，也感到大勢已去，開始動搖，通過英國駐台領事歐思訥向日軍求和。日軍認為勝利在握，拒絕了劉永福的要求。但是，廣大愛國軍民決心抗戰到底，誓死不向侵略者低頭。10月11日，日軍近衛師團前鋒抵近鹽水港附近村落時，遭到義軍襲擊，傷亡十餘人。18日，義軍4000餘人在李翊安指揮下，與日軍第四混成旅團的一個聯隊，在王爺頭附近展開激戰。義軍以村落、民房和大堤為掩護，堅守陣地毫不退讓。許多義軍士兵，英勇戰死在陣地前沿，就連日軍也不得不稱讚這些士兵，“其勇敢真值得賞歎，可稱為中日戰爭以來未曾有的勇兵!”
15日，2000多名日軍在吉野、秋津洲等六艦掩護下，占領打狗港，立即進犯台南，沿途不斷遭到義軍的伏擊。16日，日軍一個騎兵隊行至二層溪時，遭到義士鄭清部700餘人的襲擊，被擊斃騎兵十餘人。20日，由布袋嘴登陸的日軍一個聯隊，渡曾文溪犯東勢寮莊。徐驤等率義軍及高山族同胞700餘人，在溪尾莊附近迎敵。這裏距台南府城僅20公裏，是府城外圍的要地。日軍集結大量兵力，義軍與敵人展開了最後決戰。日軍依仗其精良裝備和優勢兵力，馬步並進，義軍官兵憑著愛國熱情和民族義憤，毫不畏懼，在激烈的炮火中奮勇衝殺，終因力量懸殊而失敗。徐驤中彈身亡，王德標、簡精華下落不明。
徐驤，苗栗縣庠生。甲午戰前執教於頭份莊。日軍入侵台北，徐驤組織義軍殺敵報國。先後馳騁在台北、台中、台南各戰場。幾乎每次重大戰鬥都有徐驤率領的義軍參加，他在反對割讓台灣的鬥爭中，立下不朽功勳，至今猶為人們所懷念。
當義軍在曾文溪與日軍決戰之前，另外兩路日軍已進逼台南城下。劉永福部柯壬貴率部堅守，與敵血戰。18日，劉永福集眾會議，商戰守計，未得結果。19日，日軍大舉進攻安平炮台，守軍頑強抗擊，斃傷敵數十人。入夜，日軍攻城益急。劉永福違背自己的誓言，拋下正在與日軍殊死搏鬥的抗日軍民，與隨從十人，從安平乘英國商輪多利士號逃回廈門。
劉永福去後，台南城抗日武裝失去指揮，頓時大亂。21日，日軍攻入台南城。11月，日軍占領台灣所有重要城鎮，但是，台灣人民，繼續堅持遊擊戰爭達七年之久。
台灣軍民抗擊日寇入侵的作戰，是甲年戰爭的繼續。邊場鬥爭雖然失敗了，但其影響是深遠的，意義是重大的。在整個抗戰過程中，台灣人民空前廣泛地動員起來，踴躍地參加抗日鬥爭，用鮮血寫下了許多可歌可泣的英勇事跡。他們雖然缺少武器，沒有外援。但有著寧死不屈的決心，充分利用有利條件，巧妙地打擊敵人，將入侵台灣的兩個師團日軍“困於有全台皆兵之勢的猛烈的遊擊活動和瘧疾之中。在四個多月的戰鬥中，日軍付出了近衛師團長北白川宮能久親王以下4800名死亡和2萬7千名負傷的巨大代價，比日軍在甲午戰爭中死傷的人數多了將近一倍。台灣軍民用自己浴血奮戰的事實，向全世界表明：台灣人民不可欺，中華民族不可侮。
帝國主義瓜分中國的狂潮
列強在華強占租借地和劃分勢力範圍
1895年4月23日，俄、法、德三國幹涉還遼成功，為帝國主義列強瓜分中國開了先河。甲午戰爭後，帝國主義列強在中國掀起了以強占租借地、劃分勢力範圍為最高形式的瓜分狂潮。
最先起浪的就是德國和俄國。
中日戰爭結束後，德國以“幹涉還遼有功”，向清政府提出租借膠州灣的要求，清政府深恐他國援例要索，沒有同意。1897年11月1日，德國有2名傳教士在山東曹州巨野被殺。德國以此為借口，派兵強占了膠州灣，清政府不敢下令反抗，便成了既成事實。1898年3月6日，李鴻章代表清政府與德國公使海靖簽訂了《膠澳租界條約》，內容為：德國租借膠州灣，租期99年，膠州灣沿岸100裏內為“中立區”，德軍可以自由出入等等。通過這個條約，山東成了德國的勢力範圍。
俄國先是默認德國強占它原先駐過的膠州灣，然後武裝占領了旅順和大連，也向清政府提出“租借”等要求。清政府在沙俄威脅利誘下，被迫於1898年3月27日派李鴻章、張萌桓與俄國公使巴希羅福簽訂了《旅大租地條約》，內容為：俄國租借旅順口和大連灣，租期25年，租借地及其海麵附近的行政權完全由俄國管理，中國軍隊不得入內；租借地以北設立“中立區”，中國軍隊非經俄國允許也不得入內；俄國得在中東路某站修一鐵路支線通往旅大(後定為哈爾濱至旅大)。這樣，整個東北地區成了沙俄的勢力範圍。1899年俄國還把租界地改為了關東省。
法國更是趁火打劫。
早在1895年，法國就以“還遼有功”為借口，強占我國雲南邊境上的猛烏、烏得等地，並迫使清政府增開河口、思茅為商埠，攫得雲南、兩廣優先開礦的權益。1897年，法國又迫使清政府聲明不割讓海南島及對岸陸地於他國。德占膠州灣、俄占旅大後，1898年4月，法駐華使館照會總理衙門，逼清政府承認不得將滇、桂、粵三省讓與他國，中國郵政管理由法人充當，法國修築滇越(昆明至越南)鐵路，並要求租借廣州灣。1899年11月10日，中法訂立《廣州灣租界條約》。法國借租廣州灣的期限為99年，界內一切全歸法國管理，並可修築炮台，駐紮軍隊；法國可修築廣州灣赤坎至安鋪的鐵路。從此，雲南及兩廣的大部分地區成了法國的勢力範圍。
英、日、美三國也不甘落後。
1898年2月，英國為保證它在長江流域的利益，硬逼清政府承認長江流域為英國的勢力範圍。同年4月，英國公使竇納樂又借口北抗沙俄、南拒法國，向清政府提出租借威海衛和展拓九龍界址的要求。1898年6月9日和7月1日，清政府先後同英國簽訂《展拓香港界址條約》和《訂租威海衛專條》。通過這兩個條約，英國在廣東取得九龍半島及其附近島嶼包括大鵬灣和深圳灣在內的租借權，為期99年；在山東取得威海衛包括劉公島及威海衛海灣中之群島和沿海10英裏陸地的租借權，為期二十五年。
日本雖已在中日海戰中從中國攫取了大量利權，但仍不滿足。1898年4月22日，日本駐華公使矢野向清政府發出照會，逼迫清政府聲明不得將福建省內之地讓與或租與別國，清政府隨即同意。福建便成了日本的勢力範圍。
美國“門戶開放”政策
當德、俄、法、英、日等國在中國以強占租借地為依托，劃分勢力範圍時，美國正與西班牙交戰，爭奪古巴和菲律賓，一時無力插手中國事務，但仍關注著中國的動態。1898年3月，美駐華公使康格建議美國占領大沽口，以直隸作為本國的勢力範圍。美國海軍部也企圖租借三沙灣或舟山群島，但均未得逞。1898年秋，美國取得美西戰爭的勝利後，為了在分割中國的爭奪中保證美國也享有均等的權利，先後向各國提出所謂“門戶開放”宣言。宣言內稱各國在其勢力範圍內應承認下列原則：
第一，各國在中國的任何所謂“勢力範圍”或租借地內的任何既得利益，其他國家不得加以幹涉。
第二，各國運往“勢力範圍”內各口岸的貨物，均由中國政府按中國現行約定關稅率征收稅款。
第三，各國在“勢力範圍”內征收港口稅和鐵路運費時，不論何國應一律平等。