4月21日，保國會第二次集會於崧雲草堂，梁啟超發表演說，呼籲“合群策”、“合群智”、“合群力”，以推動變法救亡。接著，又在貴州會館集會。每次到會者常在二百人以上，康有為住所賓客盈門，“應接不暇”。
戊戌保國會的活動，引起守舊勢力的仇恨。京城謠言四起，榮祿對別人說：“康有為立保國會，……僭越妄為，非殺不可。你們如有相識入會者，令其小心首領可也。”他們鼓動守舊派禦史黃桂鈞寫了《禁止莠言折》詆毀保國會糾合力量，使“民主民權之說日益猖獗”，將造成“會匪聞風而起”的形勢。軍機大臣剛毅準備查究入會的人，光緒帝阻止說：“會能保國，豈不大善，何可查究耶?”
這是百日維新前新舊勢力另一次激烈衝突，它比起強學會成立後的鬥爭，更具有複雜和公開化的特點。
百日維新
1898年5月29日軍機大臣奕死去。那拉氏失去了一個重要的輪擺，康有為感到變法的一個阻力拔除了，立即寫信給翁同龢催促他影響光緒帝當機變法。同時，康有為又以翰林院侍讀學士徐致靖名義上書光緒帝，請求“明定國是”。這時，仔細看過《日本變政考》的光緒帝，向慶親王奕劻表示：“我不能為亡國之君，如不與我權，我寧遜位”。形勢演變，維新運動高漲，促使光緒皇帝逐漸成為“欲救中國”的主要讚助者。
6月11日，光緒帝頒布新的變法方針，是通過“明定國是”上諭表現出來的。詔書裏指責了頑固派，並著重說明舉辦京師大學堂是改革的第一項步驟，它明顯地透露出這場改革的溫和性質。從這天起，到9月21日止，曆時103天，光緒帝公布了幾十道新政詔書，曆史上稱為百日維新。
這個暫短時期的改革主要有：
(一)廢除八股文，作為國家考試的科舉改試策論；取消各地舊式書院，改設中、小學堂；7月3日正式創京師大學堂(北京大學前身)；設立譯書局，翻譯外國新書；允許建立報館、學會；獎勵新發明和科學發現。
(二)裁撤閑散的詹事府、通政司、光祿寺、鴻臚寺、太仆寺、大理寺等衙門，裁撤“督撫同城”的湖北、廣東、雲南三省巡撫；裁減毫無戰鬥力的綠營兵，精練陸軍；各省軍隊包括八旗兵一律改習洋槍，用新法練軍；廣開言路，允許各級官吏士紳上書皇帝。
(三)北京設立農工商總局、鐵路礦務總局，各省設立商務局，推動工商、路礦事業的發展；提倡民辦新式企業，允許組織商會；改革財政、整頓厘金，編製國家預算、決算，等等。
這些改革措施，雖然具有很大局限性，但是對先進的資本主義經濟發展和文化傳播，起了積極的促進作用。值得注意的是，這些改革雖然沒有改變封建土地所有製，但是伴隨改革的深入，8月後，準備開設製度局，審官定職，部分改革上層建築機構。
百日維新是在和守舊勢力激烈鬥爭中進行的。宣布變法後4天即6月15日，那拉氏根據剛毅榮祿的主意，強迫光緒帝撤去帝黨耳目翁同龢軍機大臣職務，說他“狂妄任性”，勒令回籍。同一天，那拉氏在頤和園召見榮祿，“密語甚久”後，派署直督，不久，實授直隸總督兼北洋通商大臣，目的是通過他掌握北洋三軍，以控製華北地區的軍政大權。後來，梁啟超認識到這是“西後榮祿，預布網羅”，伺機發動政變。7月11日，那拉氏又任命裕祿在軍機大臣上行走。原來自徐用儀、孫毓汶兩人被逐出軍機處後，帝黨在軍機處一時竟占上風。百日維新時期，那拉氏的死黨領班軍機大臣禮親王世鐸因病休假，剛毅勢力孤單，那拉氏將爪牙裕祿打入軍機處，刺探內情，並牽製帝黨。此外，6月15日那拉氏威逼光緒下詔：凡新授二品以上官員都要向西太後謝恩，表明那拉氏操縱人事大權的決心。
部院大臣和地方督撫，對新政詔旨多是推諉敷衍。剛毅一向反對新政，常對光緒帝說：“此事重大，願皇上請懿旨。”康有為感到：“上扼於西後，下扼於頑臣，變法之難如此!”被梁啟超稱為“身兼將相，權傾舉朝”的榮祿，竟專折上奏那拉氏，目無皇上，載湉束手無策。兩江總督劉坤一、兩廣總督譚鍾麟對“諭令籌辦之事，並無一字覆奏。迨經電旨催問，劉坤一則借口部文未到，一電塞責；譚鍾麟且並電旨未覆，置若罔聞。”由於守舊勢力的頑固阻撓，變法詔書大多成了空文。
6月16日光緒帝賜見康有為，任命他在總理衙門章京上行走，特許“專折奏事”，從此得到參讚新政機會。在頤和園仁壽殿召對時，康有為針對守舊勢力“掣肘”皇帝，推行變法難度很大的局麵，建議“皇上勿去舊衙門，而惟增置新衙門，勿黜革舊大臣，而惟漸擢小臣。………彼守舊大臣既無辦事之勞，複無失位之懼，則怨謗自息矣。”這就是百日維新溫和奪權的策略手段。
召見後，圍繞著廢除八股取士問題，新舊兩種勢力展開了激烈鬥爭。前一天，光緒帝親到頤和園請示那拉氏，次日——端午節那天，才公布《停止八股改試策論》上諭，這是維新變法的一個重大成果。梁啟超說：“科舉一變，則守舊之命脈已斷。”7月初，一股恢複八股風從京城刮起，剛毅和禮部尚書、總理各國事務大臣許應騤乘這股妖風，唆使後黨禦史文悌上了《嚴參康有為折》，詆毀康有為“欲保中國四萬萬人，而置我大清國於度外”；“使四民解體，大盜生心”。自稱“粗通二十六母拚字之法”的文悌在同一奏折裏，同樣點名惡毒攻擊了積極反對八股取士的帝黨禦史宋伯魯、楊深秀二人，說他們“遍結言官，把持國事”。光緒帝看出了文悌“受人唆使”的背景，7月8日將他革去禦史職務，支持了維新派。
7月3日，光緒帝召見“布衣”梁啟超，賞六品卿銜，辦理譯書局事務，這表明帝黨仍沒有多大政治實力。9月4日，光緒帝下令將無理阻撓部員上書、公開反對新政的禮部尚書懷塔布、許應騤等六人全部罷官。第二天，下諭任命譚嗣同、楊銳、劉光第、林旭為軍機章京，賞四品卿銜，參預新政事宜。被當時稱為四個“小軍機”的任用和禮部六堂官的撤職，是百日維新中光緒帝親自決定的一次人事大變動。接著，9月7日光緒帝又把反對新政的李鴻章、敬信等人從總理衙門除掉，接受維新派的建議準備討論改革政權機構，逐步實現康有為等人關於“開製度局”的主張。
這時，新舊兩黨的鬥爭已達到空前激烈的程度，作為設國會的準備，先開懋勤殿，康有為預計推薦梁啟超作顧問。
那拉氏發動政變
那拉氏早就密切關注她及其周圍親信的地位可能發生動搖，反對廢除八股的頑固勢力和一切守舊官僚都把希望寄托於那拉氏身上。北京西郊頤和園、天津直隸總督衙門成了頑固勢力密謀的上下據點。9月7日後，受那拉氏支持的懷塔布、楊崇伊等人趕往天津與榮祿密商對策，世鋒、奕劻等人連日聚集頤和園與那拉氏合謀部署政變。楊崇伊以禦史身份向那拉氏遞折誣陷康梁“紊亂朝局，”9月17日親至頤和園懇請太後“即日訓政”。這是一個即將發生政變的信號。
這時，京津一帶盛傳太後、皇帝10月赴天津閱兵時機將發生兵變，廢掉光緒帝。光緒和維新派深感大禍臨頭。維新派本身既脫離人民群眾，又沒有自己的武裝力量，拿不出什麼切實的對策，便想把擁有新建陸軍的袁世凱拉過來對付榮祿。袁世凱，河南項城人，1859年出生於官僚地主家庭，早年投靠過淮軍將領吳長慶，後幾經鑽營，於1895年以道員銜在天津小站訓練新軍，掌握了一支七千餘人的新式武裝，為榮祿等頑固派所信任和重視。同年，他又加入強學會進行投機，撈得了維新的假名聲。雖然維新派中曾有人懷疑袁世凱不能信任，但在走投無路的情況下，他們把希望寄托在袁世凱身上，於是向光緒推薦了袁世凱。
9月中旬，政變已成密雲欲雨之勢。驚慌失措的光緒，於14日叫楊銳帶出密詔，要康有為等人“妥速密籌，設法相救”，但密詔被嚇壞了的楊銳擱置起來。16日，光緒召見袁世凱，賞以侍郎銜，專辦練兵事宜。第二天，他又叫林旭帶出第二道密詔，讓康有為趕緊逃離北京。林旭將兩道密詔一起帶出，康有為、譚嗣同等人讀了密詔，相對痛哭，束手無策。最後，他們決定還是繼續拉袁，並乞求於英、日等帝國主義的支持，幻想借此來挽救敗局。
在此之前，英、日等帝國主義分子為了和沙俄爭霸的需要，曾裝出一副“慈善”心腸，表示願意“幫助”中國變法。維新派竟天真地相信了他們這些謊言，稱讚英國是“救人之國”，並專折奏請聯合英、日，企圖以此抵抗頑固派。但此時帝國主義分子看到維新派敗局已定，伊藤博文對光緒虛表“同情”，根本無意援助。康有為等人到外國駐華使館進行活動，也毫無結果。於是，他們便把賭注全部押在袁世凱身上。
9月18日深夜，譚嗣同隻身跑到袁世凱的寓所，勸袁世凱擁護光緒，殺掉榮祿，發動政變。這時，袁世凱拍著胸膛表示對光緒的忠誠，並說“誅榮祿如殺一狗耳”，卻又表示事機緊迫，得先回天津進行部署。譚嗣同以為拉袁已經成功，滿意而去。
9月20日，光緒再次召見袁世凱，袁也再次表達了自己的“忠心”。但當他晚上趕回天津時，卻直奔榮祿的總督衙門告密。榮祿大驚失色，連夜專車進京，飛奔頤和園麵告慈禧，反動政變發動。
21日淩晨，慈禧攜帶大批隨從，自頤和園趕回皇宮，將光緒囚禁在中南海的瀛台，重新“垂簾聽政”，並搜捕和屠殺維新派，派兵包圍南海會館，抓走了康廣仁。康有為已於前一日離京赴滬，在英國保護下逃往香港。梁啟超則在日人掩護下化裝出京，由天津去日本。譚嗣同拒絕了當時人們要他出走日本的勸告，表示：“各國變法，無不從流血而成，今中國未聞有因變法而流血者，此國之所以不昌也。有之，請自嗣同始。”他把自己所著的詩文和書稿交給了準備逃往日本的梁啟超，決心一死。28日，譚嗣同、楊銳、林旭、劉光第、康廣仁、楊深秀六人，被殺於北京菜市口，時人稱之為“戊戌六君子”。其他維新派和大批參與新政及傾向變法的官員，或罷官或放逐。嚴複因為沒有實際參加“百日維新”，未被著實追究。政變後，新政措施除京師大學堂保留外，全部都被取消，那拉氏又升榮祿為軍機大臣，懷塔布為左都禦史兼內務府大臣，許應騤任閩浙總督，李鴻章出督兩廣，袁世凱護理北洋大臣等。戊戌變法徹底失敗。
那拉氏上台後，命令各地廣為張貼《勸善歌》，以遮掩人民耳目。其中美化那拉氏：“太後佛爺真聖人，垂簾聽政愛黎民。……聖心猶為天下計，憂國憂民常不眠”。北京等地群眾諷刺它是“升官保命歌”，從這裏也可以看出戊戌變法促進了人民的覺醒。
維新變法失敗的原因
一場短命的戊戌維新的失敗，固然由於以那拉氏為代表的頑固勢力的阻撓、鎮壓，但是，維新派本身存在的致命弱點，更值得重視。
十九世紀後半期，改良主義思潮的興起，曲折地體現了人民群眾變革社會的要求，而它的發展是以民族矛盾逐漸激化和資本主義經濟微弱成長為前提的。當時，新興的資產階級上層的政治代表維新派，不可避免存在著更為嚴重的軟弱性和妥協性。他們在政治上的軟弱妥協，以及在思想上的缺乏戰鬥力是互為裏表的，一方麵擁立“講變革圖富強”的“今聖”光緒帝；另一方麵把時髦的外裝罩在“古聖”孔夫子身上，借助人世間的兩個權威，即政治權威和思想權威的力量推行新政。
維新派內部的思想政治狀況雖然存在分歧；但他們之間有一個共同的軟弱特點，主要表現為不敢信賴人民的力量，甚至對人民群眾的革命活動采取敵對的態度。他們既不滿意清政府的封建暴政和對外屈辱投降；又反對人民群眾以革命手段摧毀大清帝國。他們總是企圖溫和地奪取一部分權力，逐步實現三權分立的君主立憲政體，把中國變成一個獨立富強的資本主義國家，這是戊戌變法的基本目標。當百日維新期間，維新派一再以“金田之役”、“法國革命”作為教訓，以“亂民蠢動”當作警鍾，激烈抨擊清政府“夜行無燭，瞎馬臨池”，恰恰反映了維新派又用變法作為防止革命、抵製革命的一種手段，從而使他們自然站到勞動人民的對立麵，得不到具有“回天之力”的勞動群眾的支持。沒有深厚的群眾基礎，維新派的力量顯得非常脆弱，封建頑固勢力猖狂一擊，顯得毫無招架之力。維新派主張不經過暴力去奪得頑固派的政權，結果反而被頑固派以暴力所絞殺。