8月4日，第5師師長熊克武宣布重慶獨立。同日，革命黨人張百群在川西組織討袁軍。川督胡景伊派川東宣撫使王陵基率部向討袁軍進攻，並派四個師圍攻重慶。袁世凱令拿辦熊克武，並令鄂、陝、滇、黔四都督派軍隊會合兜剿。熊部奮戰月餘，終因寡不敵眾，各路戰事均告失敗。9月8日，王陵基部向重慶北麵門戶合川發動進攻，熊率數千人與之大戰，結果敗北，11日熊克武出走，後流亡日本。其他各省也有些小規模的起義，如湖北沙洋駐軍第三十二團團長劉鐵，廣西柳州巡防營統領劉古香，浙江寧波顧乃斌等，一度宣布獨立，都旋起旋滅，沒有發展成一支較大的勢力。
護國戰爭
又稱“雲南起義”。1915年12月至1916年6月，雲南等省為反對袁世凱複辟帝製，維護中華民國民主共和製度而組織的護國軍，與袁統轄的軍隊，在四川、湖南等地進行的戰爭。
討袁戰爭失敗後，中華民國大總統袁世凱更加有恃無恐，下令取締國民黨，解散國會，圖謀複辟帝製。為取得日本政府對複辟的支持，1915年5月與其簽訂包括承認日本在山東一切權利等內容的賣國“二十一條”。8月，指使其親信、幕僚成立進行複辟帝製活動的“籌安會”。12月12日，申令接受國民“推戴”為中華帝國皇帝，旋下令改民國五年為洪憲元年。
在袁準備稱帝期間，孫中山領導的中華革命黨和梁啟超為代表的進步黨等組織，曾分別派人赴雲南策動武裝起義。在反袁各派的策動下，雲南部分高、中級軍官，多次舉行秘密會議，並著手組織武裝討袁。在袁世凱稱帝的前幾天，即派出步兵第一、第七團(雲南獨立後，改編為護國軍第一軍第一梯團第一、第二支隊)，以剿匪為名，向滇川邊境開進，企圖配合後續部隊奪取四川。12月25日，前雲南都督蔡鍔與雲南將軍唐繼堯等人，在昆明宣布雲南獨立，旋即建立雲南都督府，並在原有兩個師一個旅的基礎上，迅速擴編成三十六個團共約兩萬人的討袁護國軍。蔡鍔、李烈鈞分任第一、第二軍總司令，唐繼堯任都督府都督兼第三軍總司令。每個軍下轄梯團(相當於旅)不等。每個梯團下轄二個支隊(相當於團)。計劃第一軍攻川，第二軍出桂，東征粵、浙，第四軍留守雲南乘機經黔入湘。爾後各軍在武漢會師北伐。另由都督府左參讚戴戡率一部兵力入黔，策動貴州獨立。
雲南獨立後，袁世凱急令北洋軍和川、湘、粵等省軍隊共約八萬人，從川、湘、桂三路征滇，企圖一舉殲滅雲南護國軍。計劃由第1路司令馬繼增率北洋陸軍第六、第三、第二十師各一部及部分混成旅，從湘西經貴川由東麵攻入雲南；第二路司令張敬堯率北洋陸軍第七師和第三、第六、第八師各一部，與駐川北洋軍和川軍會合後，從北麵進攻雲南；第三路由廣東陸軍第一師師長、新任雲南查辦使龍覲光率部出粵經桂入滇，攻擊護國軍後方。
四川之役
四川是護國軍與袁軍交戰的主要戰場，亦為雙方必爭之地。1915年2月，袁世凱就派其親信、陸軍參謀次長陳宦督理四川軍務，並調中央直屬第四、第十三、第十六混成旅隨陳入川，加強四川防務，連同川軍含各地警備部隊，共約四萬人。1916年1月16日，蔡鍔所部劉雲峰梯團抵達滇川接壤的新場(鹽津縣南)一帶。17日，向防守川南的第四混成旅旅長、新任川南鎮守使伍祥禎部發動進攻，一舉攻占燕子坡、黃坡耳、捧印村等地。19日，劉雲峰以第一支隊在正麵實施佯攻，第二支隊利用夜暗迂回至安邊側後，突然發起攻擊，安邊守軍不支，向敘州(今宜賓)潰逃。護國軍乘勝追擊。伍祥禎見安邊已失，率部棄城逃走。21日護國軍不戰而下敘州。袁世凱對敘州失守。大為震怒，下令褫奪伍祥禎川南鎮守使職，並令陳宦調整部署，組織四路部隊向敘州反攻。護國軍依托有利地形，實行積極防禦，靈活運用截擊、阻擊和適時出擊等手段，戰至2月7日，擊敗袁軍的反攻，贏得敘州保衛戰的勝利。後因部分兵力往援納溪，劉率餘部退守橫江。
1月24日，戴戡率一部滇軍抵達貴陽。27日，貴州護軍使劉顯世宣布獨立，旋即將黔軍第五、第六團與戴所部滇軍，合編為護國軍右翼軍(亦稱滇黔聯軍右翼軍)，歸蔡鍔節製，以戴任總司令，向川東進攻；以黔軍第一～第三團編為右翼軍東路軍，王文化任司令，率部進擊湘西。2月13日，戴部抵達川黔邊境鬆坎(屬桐梓)一帶，次日分三路向綦江以南的九盤子、青羊寺和東溪發起攻擊，與防守綦江地區的川軍第一師第部激戰一晝夜，15日連克上述要地，俘袁軍128人，斃傷一部，後繼續向北推進；前鋒已抵驅綦城僅10餘公裏，袁軍為改變不利態勢，陸續調集第三、第八師等部各一部兵力往援綦江，並多次發動反攻，戴部終因寡不敢眾，被迫於3月中旬退守鬆坎一帶，奪取綦江進而占領重慶的計劃未能實現。
1月26日，蔡鍔所部趙又新梯團第三支隊支隊長董鴻勳，率部抵達畢節後，奉蔡之命晝夜兼程，趕赴永寧聯絡川軍第二師劉存厚部起義。2月5日，董鴻勳部與起義川軍聯合向瀘州發起攻擊。次日占領藍田壩、月亮岩等要點，與瀘州隔江對峙。9日，因防守月亮岩部隊疏於戒備，又被袁軍奪回。後雖進行多次反擊，均未奏效，劉、董兩部分別退守江安、納溪。14日，袁軍兩萬餘人，從納溪兩翼向護國軍反攻。蔡鍔率主力馳抵納溪後，組織幾次較大規模的反擊，給袁軍以重大殺傷，而護國軍亦因彈藥不濟，人員疲憊，於3月6日，分路撤出納溪至敘蓬溪(今護國鎮)一帶有利地形休整。15日，蔡鍔乘廣西獨立，雲南解除後顧之憂，以及袁軍官兵厭戰，物資補給極其困難之機，決定集中主要兵力分三路反攻瀘(州)納(溪)。17日，擔任主攻的右翼趙又新梯團從納溪以東之白節灘發起攻擊；中路顧品珍梯團在正麵牽製敵軍；左翼劉存厚部攻占江安，保障主力側翼安全。19日，護國軍全線突破袁軍前沿陣地，殲其一部。22日，袁世凱迫於內外交困，宣布取消帝製，仍居大總統位。蔡鍔堅持迫袁下台，繼續指揮所部頑強作戰。至3月底，連克江安、南溪等地，重新奪回納溪。袁軍傷亡甚大，無力繼續作戰。陳宦派人向護國軍要求停戰議和。雙方議定從31日到4月6日停戰一周，後又派代表商談，繼續休戰，反攻瀘州計劃未能實現。
湘西之戰
護國軍右翼軍東路司令王文華率三個團，於1月下旬進抵黔湘邊境後，立即分路向湘西袁軍發動進攻。2月2日晚，第一團趁晃州(今老晃，屬新晃)城袁軍歡度舊年除夕，疏於防備之機，借夜幕掩護，以迅猛動作衝入城內，正在飲酒作樂的袁軍頓時慌亂一團，稍作抵抗，便向晃州以東的蜈蚣關潰逃。護國軍乘勝追擊。次日拂曉，袁軍第五混成旅和鎮遠道守備部隊各一部在娛蚣關據險頑抗，護國軍奮力猛攻，下午攻克該地，斃敵80餘名，首戰告捷。第三團亦於2月3日向黔陽袁軍發起攻擊，當日占領部分據點，5日克黔陽，6日占領洪江，共俘敵250餘名，繳獲武器彈藥一批。期間，向麻陽進攻的第二團，因城內防守嚴密，且地勢險要，周圍多懸崖絕壁，多次攻城不果。加之袁軍第3、第6師各以一部兵力，分別從辰溪、沅州(今芷江)增援麻陽，使第3團處於被圍殲的險惡態勢。王文華冷靜地分析敵我態勢，決心乘辰、沅袁軍往援麻陽之機，令第二團改攻為守，就地牽製袁軍，令第一、第三團於13日聯合向沅州發起攻擊，袁軍棄城逃走，14日護國軍占領沅州。
護國軍奪取沅州後，王文華急令第一團以一部兵力迂回至麻陽側後，協同第2團再攻麻陽。15日晚，民軍敢死隊攀雲梯爬入城內，與護國軍內外夾攻，袁軍相互失去聯絡，紛紛向辰溪方向潰逃。16日，護國軍占領麻陽。至2月下旬，護國軍在當地人民支援下，連克靖縣、通道、綏寧等地，擊潰袁軍約三個混成團兵力。3月中旬，袁軍向麻陽、黔陽等地發動全麵反攻。護國黔軍頑強抗擊，牽製湘西袁軍向主要方向四川轉移兵力。戰至4月6日，王奉蔡鍔之命停戰，與袁軍形成對峙。
滇桂邊境作戰
1月中旬，龍覲光率所部約4000人(沿途招募4000人)由粵出發，下旬抵達滇桂邊境後，以李文富為第1路司令，率部由百色進攻雲南剝隘；黃恩錫為二路司令率部經西林(今定安)繞攻廣南；朱朝瑛、張躍山等各率一部兵力，分別在百色和西隆(今隆林)等地，阻擊由黔入桂的護國軍和第1路龍軍的進攻。另由龍體乾潛回雲南，在滇南一帶組織土匪武裝，發動暴亂。從而達成了對即將入桂的護國第2軍的包圍態勢。
李烈鈞率護國第二軍約2000人，於2月20日由昆明出發，向廣西開進。途中得知龍軍進抵滇桂邊境並占領部分據點的情報，一麵令張開儒、方聲濤兩個梯團，迅速在富州(今富寧)、廣南地區組織防禦，阻擊來犯之敵；一麵根據湘西戰事進展比較順利，報經唐繼堯同意，將企圖援湘並已進至貴州境內的第三軍趙鍾奇梯團(欠一個支隊)和黃毓成挺進軍折入廣西，從外線達成對龍軍的反包圍態勢。
3月初，護國第二軍與袁軍在廣南、富寧地區展開激戰。張開儒梯團於富寧東麵之皈朝一帶擊退龍軍李文富部多次進攻，雙方成僵持局麵。方聲濤梯團與黃恩錫部在廣南以北龍潭地區激戰數日，將黃部擊退，並殲其一部，亦呈膠著狀態。15日，廣西將軍陸榮廷宣布廣西獨立，護國軍士氣大振。16日，方聲濤指揮所部向黃恩錫部發起反攻，已進抵西隆的趙鍾奇梯團，此時亦由北向南壓迫黃部。黃軍腹背受擊，被殲一部後，倉皇逃竄。與此同時，經潞城向百色機動的黃毓成挺進軍，途中擊潰朱朝瑛部後，直趨百色，協同桂軍包圍龍覲光指揮部，迫使龍軍繳械投降。在皈朝的李文富見大勢已去，亦被迫向張開儒投降。護國軍先後共俘龍軍2000餘人。竄到蒙自、臨安(今建水)一帶的龍體乾土匪武裝，遭第三軍劉祖武等部痛擊後，部分被殲，部分逃離滇境。
袁世凱三路征滇計劃雖告破產，護國軍卻未放鬆警惕，堅持迫袁下台。為徹底推翻袁的獨裁統治，5月8日，已獨立的滇、黔、桂、粵等省，在廣東肇慶成立對抗北洋政府的軍務院。不久，陝西、四川、湖南等省相繼宣布獨立。袁益陷窘境，6月6日病死。護國戰爭結束。
洪憲帝製的覆滅
聲勢浩大的反袁護國運動使原來支持袁世凱複辟帝製的帝國主義國家紛紛改變態度，也使北洋軍閥內部發生分裂，段祺瑞、馮國璋乘機各自進行謀取權力的活動。在內外交困之中，袁世凱被迫於1916年3月22日宣布取消帝製。
帝製撤銷後，袁世凱還想保持總統地位。他任命段祺瑞組閣，段上台後步步進逼，迫袁交出政權；西南護國軍反對袁世凱任大總統，1916年5月，滇、桂、黔、粵等省組成軍務院繼續討袁；袁世凱的心腹四川督軍陳宦、湖南督軍湯薌銘亦宣布獨立。袁世凱陷入四麵楚歌的絕境，6月6日，在全國人民的唾罵聲中一命嗚呼。
袁世凱死後，曆時兩年的護國運動即告結束。護國運動挫敗了袁世凱複辟帝製的陰謀，恢複了資產階級共和國的形式。以孫中山為首的革命派在護國運動中表現了堅韌的革命精神。但是，護國運動並沒有改變中國半殖民地半封建的社會地位。
帝國主義操縱下的軍閥割據
北洋軍閥的分裂
袁世凱死後，北洋軍閥失去了總頭子。北洋軍閥分裂成幾個派係，各自依靠不同帝國主義的支持；另外一些地方軍閥在護國戰爭中借反袁名義紛紛宣布獨立，乘機謀取地盤和權力，也以帝國主義為背景，擁兵自重。這樣，中國出現了各派軍閥割據和相互爭鬥的局麵。
當時全國從中央到地方的各派軍閥主要屬兩大軍閥集團：即北洋軍閥集團和西南軍閥集團。在北洋軍閥係統中，勢力最大的是以段祺瑞為首的皖係和以馮國璋為首的直係。皖係軍閥投靠日本帝國主義，控製安徽、山東、浙江、陝西、福建等省。直係軍閥投靠英、美帝國主義，控製江蘇、江西、直隸等省。另一個大的派係是張作霖為首的奉係，投靠日本帝國主義，控製東北三省，成為皖、直兩係外的一支舉足輕重的勢力。非北洋係的地方軍閥，在北方，主要有割據山西的晉係閻錫山。在南方，北洋軍閥的勢力尚未達到或尚未完全達到，逐步形成了相對獨立的諸多派係的地方軍閥，曆史上稱為西南軍閥。皖、直、奉軍閥，在帝國主義支持下，割據爭雄，曾先後控製北京政權。而皖係軍閥段祺瑞，依靠日本帝國主義的支持，憑借他利用陸軍總長的職務在北洋軍閥中所掌握的實力以及國務總理的地位，首先取得了北京政權。
張勳複辟
袁世凱一死，各派軍閥在大總統繼任問題上展開了一番激烈爭鬥後，1916年6月，由黎元洪繼任大總統，馮國璋為副總統，段祺瑞為國務總理。段祺瑞把持了北京政府的實權。1917年，總統與總理在是否參加第一次世界大戰的問題上發生分歧。日本帝國主義支持段祺瑞參戰，美帝國主義指使黎元洪反對，形成所謂“府院之爭”。段祺瑞以武力脅迫黎元洪解散國會，黎元洪則免去段祺瑞國務總理職務。清朝封建餘孽“辮帥”張勳以調停雙方衝突為名，率兵闖進北京，把廢帝溥儀又扶上皇帝的寶座，改民國六年為宣統九年。演出一場複辟鬧劇。