段祺瑞“再造共和”與“毀法”
段祺瑞在日本帝國主義支持下，借“保護共和”之名，趕走張勳，取消複辟。此後，段祺瑞以“再造民國”的“功臣”自居，重新控製了北洋軍閥政府的實權。段祺瑞繼承袁世凱的衣缽，建立起封建專製獨裁的政權，實行對外賣國，對內專製的政策。
對外，段祺瑞政府繼續實行親日外交。1917年8月，段祺瑞政府正式對德、奧宣戰。1917—1918年間，段祺瑞不惜出賣東北、內蒙和山東等地的鐵路，礦山、森林開采權、經營權，大量向日本借款，總額在3億日元以上。其中僅由段政府的日本顧問西原龜三經辦的8次借款，即所謂“西原借款”即達145億日元，數額遠遠超過整個袁世凱統治時期向日本借款的總額。1918年，段祺瑞又與日本訂立陸、海軍的兩個所謂“共同防敵”的軍事協定，使日本帝國主義得以進一步控製中國東北和內蒙的廣大地區，掠奪中國的資源，控製中國的軍事。當日本提出霸占山東各項權利的要求時，段政府的代表竟表示：“欣然同意”。段祺瑞的賣國行徑，加劇了中華民族和帝國主義特別是與日本帝國主義的矛盾，加劇了人民大眾和封建主義尤其是親日派封建軍閥的矛盾。
對內，段祺瑞拒絕恢複被張勳解散的國會，下令毀棄《臨時約法》，準備另行組織由各省督軍指派的“臨時參議院”，作為推行獨裁統治的工具。同時，大力搜刮民財，並高唱“武力統一”，企圖以內戰方式重建袁世凱式的獨裁統治。
孫中山“護法”運動的失敗
在段祺瑞繼承袁世凱衣缽大肆賣國，實行反動統治時，孫中山於1917年7月發起了護法運動，提出了打倒假共和，建設真共和的主張，號召恢複《臨時約法》和國會。8月，在廣州召開非常國會。9月，成立護法軍政府，孫中山任大元帥，唐繼堯、陸榮廷為元帥，宣布段祺瑞為民國叛逆，出兵北伐，開始了護法戰爭。軍政府的成立，標誌著護法運動的正式開始，也標誌著南北分立對峙局麵的形成。護法戰爭開始後不到三個月，北京政府內部發生了分裂。對於南方護法軍政府，段祺瑞主張武力討伐，調直係軍隊打前鋒。
1917年10月，直係軍隊進入湖南，南方軍隊也開入湖南與之對抗。直係軍閥為了保存實力，排斥段祺瑞，與西南軍閥勾結，主張停戰息兵，和平解決。11月，段祺瑞被迫辭職。與此同時，南方護法軍政府內部也發生了重大分裂。滇、桂軍閥讚成孫中山的護法，本意在利用孫中山“護法”的旗號，對抗北洋軍閥以圖自保。直係主和之議一起，便圖謀排擠孫中山，分裂護法軍政府。
1918年5月，孫中山憤而辭職，離開了廣州去上海。他在辭職通電中憤懣地指出：“吾國之大患，莫大於武人之爭雄，南與北如一丘之貉。”5月21日，孫中山乘大阪商輪蘇州丸號離開了廣州，經日本前往上海。護法戰爭宣告失敗。中國資產階級革命已陷入絕境。
南北對峙和南北議和
段祺瑞辭去國務總理職務後，又被任命為參戰督辦。他以此名義繼續向日本借款，擴充其參戰軍，並組織了以徐樹錚、王揖唐為首的“安福俱樂部”，操縱新國會，進行“合法倒馮”。1918年3月，段祺瑞勾結奉係軍閥入關聲援，皖係各省督軍也要求段祺瑞複職。馮國璋被迫再次任命其為國務總理。直係軍閥曹錕、吳佩孚在湖南取得勝利，段祺瑞卻任命皖係軍閥張敬堯為湖南督軍，曹、吳對此極端不滿。8月吳佩孚等通電主和，與西南軍閥聯合，共同對抗皖係。9月，安福國會選舉徐世昌為大總統，錢能訓為國務總理，把以馮國璋為首的直係勢力排擠出中央政府。安福國會是段祺瑞的禦用工具，他通過這個工具控製著內閣，利用參戰督辦的名義實行專製獨裁統治。1919年12月，馮國璋死後，曹錕、吳佩孚成為直係的首領，與南方軍閥建立了更加密切的聯係，並進一步取得英、美的支持，直皖矛盾更加尖銳。1918年10月，第一次世界大戰即將結束，全國人民和各界人士都要求消除戰爭，南北議和。西方帝國主義為了反對日本支持段祺瑞，推行武力統一，以便獨霸中國，讚成中國南北議和。10、11月間，美國先後向北京政府和護法軍政府提出“勸告”。日本在英、美的壓力下被迫同意美國提出的南北議和主張。1919年2月，南北雙方在上海舉行和平會議。由於英、美和日本爭奪激烈，各派軍閥矛盾重重，至5月談判宣告破裂。此後，更大規模的軍閥混戰連年不斷。
護法戰爭
又稱“南北戰爭”。1917年8月至1918年5月，孫中山為雄護與恢複標誌共和國體的《中華民國臨時約法》和國會，發動和領導的反對北洋軍閥的戰爭。
1917年7月1日，張勳擁清廢帝溥儀複辟。6日，孫中山偕廖仲愷、朱執信等人由上海乘“海琛”號軍艦啟程赴粵，計劃以廣東為基地，組織武力討伐張勳。孫中山等尚未抵粵，張勳辮子軍已被原國務總理、皖係軍閥段祺瑞組織的討逆軍擊敗，複辟被粉碎。段複任國務總理，重掌北洋政府大權後，通電各省拒絕恢複約法和國會，並派北洋軍第8、第20師隨皖係前陸軍部次長、新任湖南督軍傅良佐入湘，鎮壓南方革命。17日，孫中山等抵達廣州後，電邀國會議員赴粵，並致電和派人聯絡西南軍閥陸榮廷、唐繼堯等人，共圖推翻以段為首的北洋政府。桂、滇軍閥亦企圖借護法旗幟，獵取湖南、四川等地盤，以便對抗段的武力統一政策。8、9月間，在廣州召開的國會非常會議，選舉孫中山為海陸軍大元帥，陸榮廷、唐繼堯為元帥，建立中華民國政府，興師討伐段祺瑞。計劃以滇、黔、桂、粵等省陸軍和海軍一部，共約15萬人，分從湘、川和閩浙三路會攻北京。中路由廣西督軍譚浩明為兩廣護國聯軍總司令，率部出湘入鄂；左路由雲南督軍唐繼堯任滇黔靖國聯軍總司令，指揮所部攻川，得手後與中路會攻武漢；右路由海軍總長程璧光等指揮粵軍和駐粵滇、桂軍及海軍，先取閩浙，再圖滬、寧，後由海路北上，與中路、左路並進。段祺瑞調集北洋軍和湘、粵、閩等省軍隊近20萬人，企圖以主要兵力入湘，製服兩廣，以一部兵力奪取四川，製服滇、黔、進而消滅南方革命勢力，實現武力統一全國的計劃。
第一次湘戰
9月18日，被傅良佐免職的革命黨人湖南零陵鎮守使劉建藩、湘軍第一師第二旅旅長林修梅，聯銜宣布湘南自主，參加護法。接著，湖南第一、第二區守備司令吳劍學、周偉等相繼宣布獨立。傅良佐奉段之命，令湘軍第一師代理師長李佑文率第一旅開赴衡山，鎮壓劉、林護法軍。下旬，該旅第一團在衡山七裏灘等地與林部交戰，第三營官兵反對“以湘治湘”，宣布起義，加入護法軍。該團和第二團大部官兵隨即響應護法，李逃回長沙。傅急令第八師師長王汝賢為湘南司令，指揮第八師王汝勤旅、第二十師張紀旅進攻衡山；湘軍第二師朱澤黃旅往永豐(今雙峰)策應王部作戰。10月6日，王汝勤不待張紀旅到達，針對護法軍防守正麵較寬，兵力分散等弱點，采用多路小群率製，集中兵力逐點攻擊等手段，向衡山以北地區發起攻擊，一舉占領白石鋪、護湘關等要點，續向衡山外圍進攻。11日護法軍不支，退守衡山與衡陽間的賀家山一帶。14日，由湘譚經株洲沿湘江東岸進攻衡山的張紀旅進抵衡山。15日，王、張兩部聯合向賀家山發起進攻。湘南護法軍總司令程潛(旋任湘軍總司令)等人，汲取衡山防禦戰中兵力過散的教訓，指揮護法部隊集中火力封鎖山下的開闊地帶，北軍死傷甚眾，多次攻擊受挫，便改攻為守，與護法軍形成對峙。
為打破南北兩軍在賀家山地區的僵持局麵，加之兩廣護國軍陸續入湘，10月21日，程潛與桂軍陸裕光等將領商定，以一部兵力就地牽製北軍，主力向西轉移，進行寶(慶)永(豐)作戰。到11月11日，護法聯軍攻克寶慶、永豐等地。14日，直係王汝賢等不願繼續為皖係作戰，發出南北議和通電，旋即率部北撤。護法聯軍乘勝追擊，20日占領長沙，北軍向嶽陽逃竄。28日，譚浩明在陸榮廷授意下，擅自發出與北軍議和的通電，屯兵不前，與程潛等人發生矛盾，因此遲至1918年1月23日，才開始進攻嶽陽，27日占領該地，俘敵千餘人。
四川靖國之役
早在1917年4月，川軍第二師師長劉存厚，因對滇軍將領、四川督軍羅佩金裁編川軍不滿，聯絡其他川軍發動“劉羅之戰”。後經調停，滇軍由成都撤至川南。7月1日，張勳複辟，溥儀委任劉存厚為四川巡撫。中旬，唐繼堯即以護法討逆名義，將滇軍改稱靖國軍，編成第一～第六軍，(後又增編第七、第八軍)自任總司令，通電討伐劉存厚，發動靖國之役，旋令羅佩金指揮駐川滇軍向成都進攻。滇軍在青(神)眉(山)一帶同川軍激戰數日，傷亡甚眾，退回川南。8月初，北洋政府派長江上遊總司令吳光新為四川查辦使，率二個旅入川支援劉存厚，不久又令陝南鎮守使管金聚率1混成旅往援川軍，企圖將滇黔軍逐出四川。11月上旬，依附北洋集團的川軍第二師和第一第三十一師各一部，向川南靖國滇軍發動全麵反攻，下旬占領瀘州、敘州(今宜賓)等要地，滇軍節節向南敗退，情況十分危急。
唐繼堯為扭轉敗局，決心以大部兵力堅守川南，牽製川軍主力向川東移動，以第四軍李友勳旅、第1軍何海清旅，分出合江、永川，秘密進入江津，協同在綦江地區的黔軍和四川靖國軍，向防守比較薄弱的重慶方向進攻，切斷北洋軍援川的重要通道，孤立川南川軍，得手後，再由東向西，與川南靖國軍夾擊川軍主力，進而奪取成都。11月12日，黔川靖國軍由綦江分兩路向重慶方向發起攻擊，一度受挫，後在滇軍協同下，奪取重慶外圍部分據點。30日，黔、川軍由重慶東南，滇軍從西南夾擊重慶。戰到12月3日，又攻克銅罐驛、白市驛等要點，進迫浮圖關。吳光新等見大勢已去，棄城逃走。4日，滇黔川靖國聯軍進占重慶。嗣後，聯軍分三路向成都方向開進，協同川南滇軍主力進擊成都和反攻瀘(州)納(溪)地區。戰至1918年1月底，聯軍收複納溪、瀘州、永川、榮昌、遂寧等地後，川軍主力被壓縮在嘉定(今樂山)、簡陽、成都之間的狹小地帶。川軍大部倒戈。劉存厚率殘部退往川北。2月20日，聯軍進占成都。靖國之役至此告一段落。
閩、粵地區作戰
1917年9月，北洋政府在派兵入湘的同時，就指使福建督軍李厚基和龍濟光等人，率部對廣東發動進攻，策應湘省作戰，不久，又策動廣東潮梅鎮守使莫擎宇，脫離廣東省政府，並派兵攻打惠州。10月23日，莫擎宇宣告獨立，反對護法。軍政府潮梅軍和平潮軍旋即進剿莫擎宇部。至12月中旬，攻克汕頭、五華等地，莫率殘部退往閩境。李厚基派汀漳鎮守使臧致平率部支援莫擎宇。軍政府令授閩粵軍總司令陳炯明率二十營粵軍入閩作戰。1918年1月下旬，陳率部由廣州啟程，2月中旬進抵潮汕地區後，忙於招兵索餉，擴充勢力，並不熱心攻閩。經孫中山幾次催促，5月上旬才指揮所部向閩軍進攻。戰至8月底，連克武平、上杭、漳州等地，李部戰敗，李逃回福州。
在護國戰爭中，被護國軍戰敗的前廣東將軍龍濟光逃往瓊州(今海南省)後，大肆擴充軍隊，圖卷土重來。護法戰爭爆發後，北洋政府任命龍為兩廣巡閱使，並令其出兵攻粵。1917年11月龍率兩萬餘人由瓊出動，12月在陽江等地登陸後，即向廣州方向推進，並連占數縣。廣東督軍莫榮新即令欽廉鎮守使沈鴻英、高雷鎮守使林虎，分任討龍軍第一、第二軍司令，各率所部在化州、恩平等地阻擊龍軍。嗣後又編組第三、第四軍和討龍靖國軍，加上原有二個軍，共約兩萬餘人對龍軍作戰。雙方在陽江及其西南地區激戰兩月，形成拉鋸戰。1918年3月7日，護法軍政府參謀長李烈鈞出任討龍軍總指揮後，決心改變分兵防守的不利態勢，集中主力於開平至陽春之線，圍殲龍軍李嘉品部主力，收複陽江，再進擊廉江、化州之敵。16日，在恩平附近待機的第三軍，首先向龍軍發起反擊，一舉收複恩平。李烈鈞即令第三軍從正麵牽製敵人，以討龍靖國軍李根源部為主攻，在海軍艦艇支援下，插入陽江北部，從側翼攻擊龍軍。第二、第四軍亦迅速向陽江推進，協同李部圍殲陽江地區之敵。李嘉品見數麵包圍，25日放棄陽江，退守電白。討龍軍乘勝追擊，4月12日占領電白。李烈鈞即以一部兵力協同第一軍向廉江、化州發起攻擊，另以一部兵力南渡瓊州海峽，襲擊在瓊的龍軍。龍部軍心動搖，加之糧彈不濟，節節敗退。討龍軍戰至28日，收複化州、廉江、遂溪。龍濟光棄軍逃走，所部大部繳械投降。