1937年抗戰爆發，穆旦於這年10月隨清華師生長途跋涉到長沙臨時大學暫設於衡山的文學院繼續就讀。除葉公超、吳宓等中國老師予以指導，英籍講師威廉·燕卜蓀（William Empson）的“當代英詩”課亦在此時開始講授，燕卜蓀（南按：其人自名燕謀格）的教學方法與內容，對雲集於外文係的一批青年才俊如查良錚、周玨良、王佐良、趙瑞蕻、李賦寧、許國璋等人，是一個真切感受外國詩人作品與性情的極好機會。隻是開課不久，師生又要向昆明遷徙。穆旦打點行裝走出蕭條冷寂的衡山，跟隨聞一多、曾昭掄等師生組成的“湘黔滇步行團”，開始了“世界教育史上艱辛而具有偉大意義的長征”[5]。在橫貫湘、黔、滇三省，跋涉三千裏到達雲南昆明國立西南聯合大學的沿途，風華正茂的穆旦懷揣一本小型英漢詞典，一邊行軍一邊背單詞及例句，到晚上，背熟了，便別出心裁地仿照據說是一位外國詩人的樣子，把背過的一頁頁撕去丟掉，為行走過的土地留下一份富有詩意的浪漫紀念。當到達目的地昆明的時候，那本詞典也就所剩無幾了。
三千裏的行軍是艱苦和單調的，除了背誦英語單詞，穆旦沒有忘記對周圍事物與風土人情的體察。祖國土地的遼闊，高山峽穀的神奇壯美，以及人民苦難的生活與堅強不屈的精神，都在他的心靈深處打下了烙印並激發出創作的靈感，許多優秀詩篇在血脈賁張、激情閃爍的某個上午或某個夜晚，隨著筆端傾瀉而出。隻是，詩人的情感與詩的內容、風格，較之清華園時代已有了轉變，正如王佐良所言：“我發現良錚的詩風變了。他是從長沙步行到昆明的，看到了中國內地的真相，這就比我們另外一些走海道的同學更有現實感。他的詩裏有了一點泥土氣，語言也硬朗起來。”[6]如在根據遷徙路上所見一幕幕場景和風土人情寫就的著名詩篇《出發》中，穆旦這樣寫道：
在軍山鋪，孩子們坐在陰暗的高門檻上
曬著太陽，從來不想起他們的命運……
在太子廟，枯瘦的黃牛翻起泥土和糞香，
背上飛過雙蝴蝶躲進了開花的菜田……
在石門橋，在桃源，在鄭家驛，在毛家溪……
我們宿營地裏住著廣大的中國的人民，
在一個節日裏，他們流著汗掙紮，繁殖！
我們有不同的夢，濃霧似地覆蓋在沅江上，
而每日每夜，沅江是一條明亮的道路，
不盡的滔滔的感情，伸在土地裏紮根！
喲，痛苦的黎明！讓我們起來，讓我們走過
濃密的桐樹，馬尾鬆，豐富的丘陵地帶，
歡呼著又沉默著，奔跑在江水的兩旁。[7]
西南聯大文學院暫設蒙自期間，穆旦成為創辦“南湖詩社”的骨幹和主要撰稿人之一。其間，受朱自清、聞一多、吳宓、葉公超、馮至、卞之琳，特別是英籍的威廉·燕卜蓀等一大批著名教授、詩人指導和影響，穆旦開始大量閱讀艾略特、奧登等外國詩人的作品，係統地接觸英國現代詩歌和詩歌理論，找到了“當代的敏感”與眼下的現實相結合的道路，詩歌創作質量發生了飛躍式提升。對於這段經曆和詩歌藝術上的變化，謝冕曾做過這樣一段評論：“若把‘五四’時期的北京大學喻為‘中國新詩的搖籃’，則此時的西南聯大同樣可以比喻為振興並發展中國現代詩的新墾地。一批青年學生，在中外名師的指導下，再一次迸發了建設中國新詩的熱情。穆旦是其中最積極、最活躍、最有代表性的一位。據有關材料介紹，他也就是在這裏對葉芝、艾略特、奧登甚至對狄蘭·托馬斯發生了濃厚的興趣。在大師的影響下，由於包括穆旦在內的一批青年詩人的投入，中國新詩史掀開了值得紀念的新頁。”[8]謝冕不愧是中國一流的現代詩歌理論家，他能在燦爛的中國詩歌星河中，找到穆旦這顆星的位置並將其誕生的背景與緣由一同托出，給予一個曆史的恰當定位，並做了“穆旦這樣在不長的一生中留下可紀念的甚至值得自豪的足跡的詩人不會很多”的預言，[9]這實在是滔滔世俗社會與紛亂的詩歌評論界罕有其匹的真知灼見。
1940年，穆旦由西南聯大外文係畢業後留校任助教。其間他的族兄查良釗正出任西南聯大師範學院教授兼聯大訓導長，後人每提及查良錚，往往與長他21歲的查良釗混淆。其實在聯大時查良錚僅是一名學生和年輕的助教而已，在大師如林的教授隊伍中沒有地位，至少遠沒有他的族兄查良釗引人矚目，如果翻一翻那個時期的梅貽琦日記，查良釗的名字不斷出現並有若幹細節記錄在案。此時查良錚隻是以用穆旦做筆名所寫的詩歌在校園學生和部分愛好詩歌的青年中間聞名。在隨後的幾年裏，作為受西方詩歌理論影響頗深的詩人穆旦，於香港的《大公報》文藝副刊和昆明的《文聚》等報刊，又連續發表了《合唱》《防空洞裏的抒情詩》《從空虛到充實》《讚美》《詩八首》等具有代表性的作品，從而引起世人更廣泛的關注。這一時期，中國抗戰已進入最艱苦的敵我相持階段，中國最精華的國土已失，人民雖衣衫襤褸，血汙浸身，貧窮和苦難纏繞著中華民族死死不放。但是，置之死地而後生的中國軍民，已經意識到在血與火的殊死搏鬥中，中華民族不但沒有被日本小鬼打垮壓碎，反而更加奮起並看到了一絲勝利的曙光。年輕的詩人穆旦，於1941年夏秋之交自四川敘永分校重返昆明本校途中，親眼目睹了殘破的大地山河與窘蹇的人民生活，在深刻感受時代苦難的同時，以詩人的敏銳視角感悟到人民奮起的精神和抗戰勝利的希望。在悲欣交集的心潮湧動中，穆旦完成了他那首意境深邃、蒼茫雄奇的《讚美》詩篇：