葉企孫的言論和表現終於激怒了當局，中共高層下令發動清華師生對其展開“狂風暴雨式的批評”。
葉一看勢頭不對，略有省悟，被迫在大會上做“深刻檢討”。在“精神洗澡”中獲得頓悟的一批清華“進步”師生，以“深厚的無產階級感情”，紛紛指責葉是“以資產階級觀點辦清華，是繼承梅貽琦的腐朽傳統和遺毒”。在一片喊打聲中，葉企孫被趕下台來。
就在批葉的同時，由於中共主張學習蘇聯的教育模式，教育部開始對全國高校進行大調整。1952年6月27日，京津高等學校院係調整清華大學籌備委員會成立，劉仙洲任主任委員，錢偉長、陳士驊任副主任委員。原出身機械科的工學院教授劉仙洲榮登大位後，第一件事就是勒令葉企孫“應向教育部自請處分”[29]。
已經倒台的葉企孫在三番五次檢討之後，最後由“組織”出麵做了結論性的調子：“他現在已在清華失去了威信。故擬不再采取群眾大會方式對之進行批評，打算找一些人幫助他一下，如沒有什麼變化，就拖著尾巴過關，以後再耐心地在長期中給以教育……”[30]這個結論，實際上是一個不動聲色、暗含殺機的隱語。自此之後，葉企孫踏上了一條危急四伏、命懸一線的孤獨之旅。
1952年10月，院校調整基本完成。根據教育部指令，天津南開大學由私立改為國立，屬教育部直屬院校。由美帝國主義庚款起家的清華大學，自然屬於重點調整與“清算”的對象，為減少美帝在清華留下的印痕和毒素，清華大學被五馬分屍，從整體上被肢解和“清算”，其文學院、法學院、理學院三個學院被割掉，並入北大，清華得到的隻是北大一個小小的工學院。清華隻能作為一個工科大學，於風雨飄搖中單腿獨立，嘯傲寒秋，孤獨地存活下來。而作為“五四運動”策源地和“革命搖籃”的北大，則成為最大的受益者，不僅兼並了清華的三個學院，還兼並了赫赫有名的燕京大學的校產與全部教職員工與學生。自此，北京大學陸續撤出城中心以沙灘紅樓為主要根據地的一、二、三院，盡數遷到城郊海澱鎮原燕京大學校園開課，與清華大學成為間隔一條馬路的近鄰。據說20世紀80年代末，一位國際知名的華裔學者，因慕蔡元培、傅斯年等前輩的大名，曾專門前往坐落在海澱鎮的北京大學憑吊“五四搖籃”，一時傳為笑談（南按：從這則笑話可看出，為何原燕京大學與原北京大學鬧校產糾紛，官司一直打到21世紀都未見分曉的個中原因）。當然，北大也有損失，比如上層決策者假以調整的名義，把過去屬於胡適派的教授借機調出北京大學，有的調往別的機關，有的幹脆發配或充邊，如羅常培調中國科學院語言研究所，鄭天挺到天津南開大學，楊振聲到東北人民大學等，在最大範圍內消除胡適的影響。[31]
按照當時教育部調整方針，清華把三個學院交出的同時，必須把館藏的全部文、法圖書一同交於北大。清華同人認為自己並無大錯，隻因與美國的關係較其他國立學校走得更近，在這場調整中受傷最大，可謂賠了夫人又折兵，一個繁盛的清華大學頓時坍塌衰落，成為半截破廟，而廟裏的和尚也幾無藏身念經作法之地，遂開始把滿腔怨氣與激憤之言撒到教育部，特別是清華主事者劉仙洲身上。一時間，劉頓成過街老鼠，人人喊打，整日灰頭土臉，工作大受影響。在這種情形下，12月4日，經中央人民政府委員會批準，任命38歲的原清華學生、中共地下黨員蔣南翔為清華大學校長，劉仙洲為副校長。年輕氣盛的蔣南翔一上任，就以淩厲的作風和初生牛犢不怕虎的威勢，立即下令截留了正準備向北大搬運的館藏文、法圖書。正是這批寶貴書籍未能流走，為30多年後清華順利恢複文科埋下一條暗道。稍後，蔣南翔以深遠的眼光和宏大的氣魄再顯神通，於清華園基礎上奮力向南、向東兩個方向極度拓展，並以驚人的處事能力把東部的鐵路推出新規劃的校園之外。由此，清華園占地麵積巨增，成為中國大陸無一可與之匹敵的麵積最大的園林式校園。這一決策與成果，為40年後清華的全麵複興埋下了伏筆。