隨著院係調整結束，整個清華園被高鼻深目、周身呈酒囊飯袋狀的蘇聯專家，以及一色中山裝的革命家所領導，維係了幾十年的校務委員會與“教授治校”等一切規矩被拋棄，清華師生開始了馬列主義路線治校的新時代。
當這個新時代到來之際，葉企孫已被調入北大物理係作為一名普通教授開始登台講授《光學》等基礎課程。此時，已沒有多少人把他放在眼裏，更忘卻了這位黑發漸白的老人乃是中國物理學界的一代宗師。直到許多年後，人們才忽然憶起，墓木已拱的葉企孫原來是中國“兩彈一星”的元勳和老祖，才曉得新中國建政50周年之際，在23位獲得“兩彈一星功勳獎章”的科學家中，有9位是他的學生，2位是他學生的學生，還有另外2位院士級（學部委員）的事業與他有著密切的關係。[32]
葉企孫在一係列政治思想“改造”與“洗澡”中，雖有無數次被迫彎腰低頭向革命群眾檢討認罪的羞辱，總算突出重圍，僥幸活了下來並開始了他心愛的事業。隨著“文革”爆發以及鐵道部部長呂正操遭到關押，中央軍委成立專案組審查呂的問題，一個不為世人所知的“神秘人物”被牽扯進來，又由於這個“神秘人物”的株連，潛禍爆發，葉企孫的厄運從天而降。
這個神秘人物，便是葉企孫的學生熊大縝。
熊大縝於1913年生於上海新閘路，1931年由北師大附中考入清華大學，次年入物理係開始聽葉企孫的課程。熊的英俊、聰明與善解人意，很快受到葉的注意，因熊與葉同操滬語，相互間又增添了幾分親密感。從1933年到1936年的四年間，每年暑假，葉都帶熊到外地“遊曆山水”。1935年夏，熊從清華物理係畢業，其畢業論文是葉指導的《紅外光照相術》。在葉的推薦下，熊於同年秋留校任助教，並作為葉的助手住進尚是獨身的葉企孫家中，師生情誼甚篤。
1937年盧溝橋事變爆發，平津淪陷，葉企孫於8月中旬隨清華大學師生秘密赴天津準備轉道南下。就在等船的時候，葉得了副傷寒症，不得不住進天津醫院治療。在治療期間，他得到了梅貽琦從南京拍來的密電，令他在天津留守，組織部分人員負責接待經天津轉赴南方的清華大學教職員工，葉服從了這一決定，並於10月初出院後移住在天津成立的清華同學會辦公處，一邊療養，一邊主持接待事宜。熊大縝作為葉的助手隨侍左右，並出麵處理食宿接待、買船票、送站等煩瑣事務。舊曆年過後，清華教職工大部分已經南下，葉的留守已無必要，遂準備南行。正在這時，又聽到已遷到長沙的清華大學與北大等校欲自長沙再遷昆明，葉決定稍緩行動，以便不經長沙而直達昆明。就在滯留的空隙，一件決定葉、熊師徒命運的意外事件發生了。
熊大縝遇害之謎
1938年3月的一天，熊大縝突然對葉企孫說：“我要到冀中區去，幫助那裏的人們進行武裝抗日，那裏需要科技人員幫助。”葉聽罷有些吃驚，便問：“是誰介紹你去的？”熊答道：“是一位姓黃的，事情緊急，我這幾天就要動身。”麵對突如其來的變故，葉在後來的交代材料中說：“吾是不讚成他去的，但因事關抗日，吾無法極力阻止，也沒有什麼理由可以阻止他。幾天後，他動身了。吾隻送他到同學會門口，沒有看到帶路的人。”[33]到了這年的端午節，熊大縝與一位北平工學院的畢業生結伴來到天津，師生見麵，葉才得知熊到冀中後，在呂正操麾下的後勤部門工作。
呂正操原是東北軍首領張學良的副官，“七七事變”時任原東北軍改編的國民黨五十三軍一三〇師六九一團團長，防區在石家莊、保定一線。1937年10月14日，呂正操“反水”，率部在小樵鎮宣布脫離國民黨五十三軍，改稱“人民自衛軍”，自封總司令，同時接受共產黨中央北方局負責人劉少奇的指示，向敵後撤退，獨立抗日打遊擊。後隨著戰爭形勢發展，呂又出任八路軍第三縱隊司令員兼冀中軍區司令員、冀中區總指揮部副總指揮、晉綏軍區司令員等要職，率部在冀中地區與日軍展開遊擊戰，創建了共產黨領導的第一塊平原抗日根據地。