因了這一連串的事件，吳宓對陳葉二人大為不滿，彼對吳宓亦心存芥蒂，雙方之間屢生齟齬，裂痕漸大，促使吳宓萌生去意。1940年1月29日，吳宓突然收到西北大學校長胡庶華和教育部次長顧毓琇的電報，敦請其為西北大學文學院院長。吳考慮再三，複電顧次長並轉胡校長“敬謝雅命”。但在嗣後的半年多時間裏，是否往西北大學又幾經反複，頗為躊躇。1940年7月26日，吳宓同時接到浙江大學和西北大學的聘電，且均言明月薪之數，浙大為380元，西大為460元。吳宓對去留問題大費思量，後經清華要好的同事特別是葉企孫勸說，遂決定暫且蟄伏下來，繼續在昆明西南聯大任教。1943年2月，清華評議會決定吳宓於1943-1944年度休假，吳應允在休假期間考慮赴貴州遵義浙江大學與成都燕京大學講學，後因“抗戰期間，應加緊工作”為由延緩休假。
1943年8月4日，吳宓接到陳寅恪由桂林發出的書信，得知陳將於8月中旬攜家赴成都燕京大學任教。吳痛感在昆明經濟窮迫，精神壓抑，工作、生活、愛情等皆不暢快，遂決定赴成都與陳寅恪共同執教燕大。主意打定，吳宓向燕京大學代理校長梅貽寶拍發電報，謂：“宓仍欲來燕京。如可，祈速留止學淑。”[7]時吳宓與元配妻子陳心一生育的長女吳學淑就讀於燕京大學，準備轉學西南聯大，既然吳宓決定赴燕大，轉學的事自然停止。由於吳宓假期一直未能批準，直到第二年的8月，教育部才核定本年度休假進修教授名單，西南聯大為羅常培與吳宓，他們在休假期間可到國外大學進修，亦可在國內其他大學訪學，或者躺在家中睡大覺等，聽憑自願。羅常培謝絕了聞一多、吳晗等“鬥士”讓其留下來共同一“鬥”的挽留，毅然決然地應美國樸茂納學院之聘，赴美講學，並任樸茂納大學和耶魯大學訪問教授。此時吳宓結合教學所得，已寫成英文本《世界文學史大綱》《歐洲文學史大綱》《文學與人生》等三本著作，因無暇修訂梓行，遂向梅貽琦報告，欲借休假之機完成以上三書的修訂並譯成中文，同時還因對陳寅恪的牽掛，決定赴成都燕大等校講學。梅貽琦慨允，但囑在蓉“隻可講學，不可授課”雲雲。
1944年9月23日，吳宓由昆明出發，經貴陽、遵義、重慶、白沙，於10月26日傍晚來到成都燕大，得以與老友陳寅恪相聚一校。對於二人相見後的情形，吳宓之女吳學昭在《吳宓與陳寅恪》中這樣記述道：“父親與寅恪伯父四年多不見，感到寅恪伯父顯得蒼老，心裏很難過。使他更為擔心的是寅恪伯父的視力，右眼久已失明，唯一的左眼勞累過度，而戰時成都的生活又何其艱難！寅恪伯父有‘日食萬錢難下箸，月支雙俸尚憂貧’的詩句，說明物價飛漲，貨幣貶值的嚴重。從父親當時《日記》中的片言隻字，也可看出一二：‘晚無電燈，早寢’，‘無電燈，燃小菜油燈’，‘窗破，風入，寒甚’，‘晚預警，途人馳奔’，‘旋聞緊急警報，宓與諸生立柏樹蔭中，望黯淡之新月，遠聞投彈爆炸之聲’。”又說：“父親很清楚，對於寅恪伯父來說，視力是何等的重要。然而，使父親最為憂慮和擔心的事，不久還是發生了。”[8]據《吳宓日記》載，1944年12月12日下午，吳步行至華西壩，“訪寅恪於廣益學舍宅。始知寅恪左目今晨又不明……而夫人與幼女亦皆病”。[9]越二日，陳寅恪入醫院治療，因瞳孔之內膜已破出液，後雖經手術治療，但均告失敗，轉英國治療亦無濟於事，最終導致雙眼失明。
吳宓受聘燕京大學國文係教授後，開設“世界文學史”“文學與人生”等課程，以及《<；紅樓夢>；評論》等係列講座。吳氏的到來，為燕大增添了光彩，與陳寅恪、蕭公權、李方桂三位教授並譽為“四大名旦”。除燕大課程，吳宓另兼四川大學國文係教授，其間曾赴樂山武漢大學講學，做《紅樓夢》演講。也正是樂山之行，使他在抗戰勝利後與武漢大學結下了一段情緣。