抗戰勝利之前，陳寅恪應牛津大學邀請準備前往講學並治療眼疾。1945年9月14日，陳氏在燕大教師劉適的陪護下，由成都飛昆明，而後由西南聯大教授邵循正陪同轉印度飛倫敦。此時吳宓假期已滿，梅貽琦力促其回昆明，吳為之心動，擬伴陳寅恪飛昆，繼續在西南聯大任教。不慎於8月9日滑跌傷其右胯骨，並左乳突患胸疽，瘡口大如酒杯，濃管集注，狀如蓮蓬，甚是駭人。手術後在妹夫羅清生教授家調養，既無法伴陳寅恪同行，又不得不致信梅貽琦、潘光旦、馮友蘭，連同那個他極不喜歡的陳福田等校、院、係諸領導請假留蓉。按吳宓在信中陳述：“病愈後，即在燕京大學授課，明春或仍赴武漢大學講課，則行李就近全可帶去，嘉州山水，亦得登涉，明春隨武大東下長江，兼覽巫峽之勝，抵武漢後，火車直抵故都，既便且速，屆時回到清華園中，追隨左右，服務本校，當不至遲期誤事也。宓一再反複，殊深愧疚歉，然疾病侵襲，實非得已，至祈鑒察。”[10]如同對毛彥文的愛情一樣，盡管吳宓“一再反複，深愧疚歉”，一旦時移事異，照舊是反複無常，至於愧疚不愧疚，就顧不得了。
1946年秋，清華在北平複校，吳宓沒有隨校北返，而是接受青年時代的“學衡”老友、時任武漢大學文學院院長的劉永濟之邀，於8月20日離成都到重慶，30日由渝乘飛機抵達武昌，出任武漢大學外文係教授兼係主任一職。
此前的8月10日，吳宓致函梅貽琦，提出辭去清華教職。20日，梅貽琦複吳，表示挽留。9月2日，也就是吳宓到達武漢大學的第三天，致函梅貽琦，訴說衷腸：“……按宓以北京為今生之故鄉，而清華母校學於斯，長於斯，20餘載，尤為感情夢魂之所係戀，無日不思北歸，他年且當畢命於此校園，方合素心。況宓近年心境日益超脫平靜，但思盡力教課，餘時休養自適，完成其著作。……”[11]10月1日，吳再致梅貽琦以訴心曲，仍得梅貽琦勸勉。11月4日，吳宓致梅貽琦，決定回清華任教。11月8日，梅貽琦致吳宓函，並附聘書，信曰：“雨僧大鑒：接誦11月4日手示，備審文旌決於寒假後返回清華任教各節，校中同仁聞悉，同深汴企。茲將聘書寄上，即希察收，於應聘書上簽章寄還。並請準於下學期（1947年3月中）返校，毋任盼幸。匆複。敬頌教綏。……尊囑關於尊夫人由滬返平事，已函知留滬照料員丁兆興君洽辦，並已告學淑稟達矣。”[12]
至此，事情似乎已圓滿解決，但出乎梅貽琦意料的是，吳宓再一次做了反複，停在武漢大學遲遲未得行動。內中緣由據說是吳當初答應劉永濟在武大任教一年，若不踐行，便覺心中有愧，對不住朋友。另在抗戰勝利不久，報載胡適將出任北京大學校長，這個消息對向來與胡氏不睦的吳宓猶如當頭一棒。對此，吳於1945年9月25日在日記中寫道：“又述教育部擬擴充北京大學（校長胡適，傅斯年代。上月已公布）。統轄北京諸大學，則他日清華更非宓所可安矣。”[13]從這段記述中，得見吳宓對胡適派的厭惡與畏懼心理。
當然，吳氏對胡適派深惡痛絕，胡對吳宓及其周圍的一幫人同樣不感冒，這從胡適的日記中可以見出。1933年12月30日，胡適在日記中憤然記載道：“今天聽說，《大公報》已把‘文學副刊’停辦了。此是吳宓所主持，辦了三百一十二期。此是‘學衡’一班人的餘孽，其實不成個東西。甚至於登載吳宓自己的爛詩，叫人作惡心！”到了抗戰前的1937年2月19日，胡適在日記中痛責陳銓時，又附帶地把吳宓也拎出來猛踹一腳，胡說：“看陳銓的《中德文學研究》，此書甚劣，吳宓的得意學生竟如此不中用！書中有雲：《西遊記》（小說）的作者邱長春（1208-1288），他還不知道《西遊記》小說不是邱長春的《西遊記》！他記長春生卒（1148-1277）都遲六十年，不知根據何種妄書！他又說《聊齋誌異》的‘作者蒲鬆齡生於一六二二年（實則生於1640年），山東磁州人’！真不知何以荒誕如此！”