心中鬱悶煩躁加惴惴不安的吳宓，在珞珈山武漢大學校園又徘徊搖擺了兩個月，突於這年12月16日讀到了老友陳寅恪攜眷南歸的消息，大為震驚。因南北交通中斷和國民黨封鎖消息，此時的吳宓才知北平已經圍城，傅作義部即將崩潰，解放軍南下的日子已迫在眉睫，吳宓遂決心入川，以避兵禍，為民族保存文化香火於一隅之地。1949年春，吳宓收到陳寅恪自嶺南大學寄來的《戊子陽曆十二月十五日於北平中南海公園勤政殿前登車至南苑乘飛機途中作並寄親友》詩，即吳宓所稱的陳寅恪逃離北平時所作《南飛》詩與《乙醜元旦》詩二首。1948年12月15日，陳寅恪攜家與胡適等人自中南海勤政殿搭乘傅作義派來的汽車趕往南苑機場的路上，留下了他一生極其重要的“亂離詩”：
戊子陽曆十二月十五日於北平中南海公園勤政殿門前等車至南苑乘飛機途中作並寄親友
臨老三回逢亂離，蔡威淚盡血猶垂。
眾生顛倒誠何說，殘命維持轉自疑。
去眼池台成永訣，銷魂巷陌記當時。
北歸一夢原知短，如此匆匆更可悲。[18]
詩中的三回亂離，指的是盧溝橋事變、香港太平洋戰爭及國共內戰。“蔡威淚盡血猶垂”句，出自庾信《哀江南賦》“申包胥之頓地，碎之以首；蔡威公之淚盡，加之以血”，意在傷悼梁朝滅亡和哀歎個人身世。陳氏借用此典，是把當時的社會嬗變看作像梁朝滅亡一樣的重要曆史事件，借以傷悼當時政局和個人處境。而“眾生顛倒”之寓意，不僅為當時戰亂中全國生靈塗炭而感傷，更暗示“嬗變”後清華園乃至整個中國在政治高壓下，“眾生顛倒”的局麵。後來發生的一係列政治運動，證明了陳氏的預言和被“顛倒”後眾生的悲慘命運。當吳宓讀到“北歸一夢原知短，如此匆匆更可悲”時，感慨悲戚，不禁淚下。吳於哀惋中在陳詩後寫有附注，並作《將入蜀》詩一首，借此紓解心中鬱結的悲情。
將入蜀，先寄蜀中諸知友
步陳寅恪兄《乙醜元旦》詩韻
吳宓
餘生願作劍南人，萬劫驚看世局新。
野燒難存先聖澤，落花早惜故園春。
避兵藕孔堪依友，同飯僧齋豈畏貧。
猶有月泉吟社侶，晦冥天地寄微身。[19]
既然陳氏已作“嶺南人”，自己願作“劍南人”。“月泉吟社”原指由一些南宋遺民詩人組成的群體，活動在浙西一帶，以浦江名勝地命名，用詩歌形式表達反元複宋的心聲和意誌。月泉一時成為全國文化學術的活動中心和知識分子人格的象征。吳宓詩的寓意和誌向大體是指值此世變，不如隱去，找個清淨的地方，與友同依，與僧同飯，詩書唱和，聊寄餘生。惜時代的大潮沒有讓他這樣做。
虎落平川
1949年4月20日，解放軍開始橫渡長江，24日南京解放。29日，吳宓於慌亂中作別風景秀麗的珞珈山，由漢口乘飛機到重慶，“初意本欲赴成都，在川大任教授而在王恩洋主辦之東方文教學院講學，但因行途不便，遂止於渝碚，而在私立湘輝文法學院任教授，並在梁漱溟主辦之私立勉仁文學院講學。此時，宓仍是崇奉儒教、佛教之理想，以發揚光大中國文化為己任”。[20]11月30日，重慶解放，為中央直轄市與西南軍政委員會（大區）駐地。1950年4月，吳宓任重慶沙坪壩四川教育學院外文係教授，兼任重慶大學外文係、北碚相輝學院、勉仁學院教授。同年10月，四川教育學院與國立女子師範學院奉命合並建立西南師範學院，吳宓與方敬、賴以莊、郭豫才等七人為院務委員會委員。曆史進展至此，吳宓後半生的生死榮辱，就緊緊地和這個新組建的西南師範學院捆綁在了一起。