就在陳寅恪《論再生緣》自費油印後不久，前往探訪的著名民主人士章士釗把一份陳氏贈送的油印稿帶到了香港，後輾轉由香港友聯出版社出版，一時間海外震動，議論紛紜，謂陳寅恪大師在大陸不但生活艱難，心情悲戚，所述著作都不能出版，隻好自費油印小冊子分發友朋，此乃實為中共對知識分子迫害的鐵證等。海外的議論與政治和道義上的強烈譴責，立即引起北京高層的關注，有關方麵與郭沫若、周揚、齊燕銘等負責宣傳文化界的大佬交換意見，決定在內地出版陳著和郭氏親自校訂的十七卷本《再生緣》，以回應海外學術界與媒體對陳寅恪艱難處境和著述不能出版的同情、議論與譴責之風浪。——這便是吳宓日記所言“彼台灣、香港之報紙時有記載寅恪兄之近況及著作者，此類記載乃使人民政府及共產黨更加尊禮寅恪兄”。而這個“尊禮”當然不是出於對一位學術大師真情的尊敬與重視，而是作為政治集團之間相互博弈的一個砝碼，進行鬥爭的權宜之計，以這個舉動來“反證彼方報紙傳聞之失實而表示我方之確能尊禮學者”。——曆史的詭譎荒謬就在此處，陳寅恪無意中成為中外政治集團博弈的一枚棋子，一旦這個集團不再需要這枚棋子的時候，必然拋之於桌下或垃圾筒。事實上，不但《論再生緣》最終未能出版，陳寅恪本人的悲劇性命運也就注定了。
繼《論再生緣》之後，陳寅恪又強撐病體，開始撰寫晚年最重要的一部大作《錢柳因緣釋證稿》，也就是後來轟動海內外的皇皇大著《柳如是別傳》。
《柳如是別傳》堪稱陳寅恪學術生涯中“發覆”的“典範”之作。如陳氏所言，對於“才學智俠”俱全的柳如是這樣一位民間奇女子，其身世之所以不彰，正是因為“當時迂腐者”和“後世輕薄者”的諱飾詆誣與虛妄揣測，導致人事全非，聲名湮沒。[48]因此，陳寅恪發出了“明清痛史新兼舊，好事何人共討論”的感歎，立誌“推尋衰柳枯蘭意，刻畫殘山剩水情”。[49]陳氏對著述結構和內容如此安排，除了柳如是本身有“待發之覆”的材料之多，以及陳寅恪對柳氏“情有獨鍾”，認為是可以與自己在心靈深處對話交流之人外，還有為錢柳二人翻案的意圖。
在以往的曆史敘述中，柳如是不過是明末清初一個倚門賣笑的煙花女子，錢牧齋更是卑鄙無恥的下流人物。1931年5月，傅斯年在錢謙益《牧齋有學集》封麵上題了如下的幾句話：“此老行事奇醜，斯文之恥辱，人倫之敗類也。然三十載風流，數朝掌故，其書固不可刪，存之益彰其醜焉。”[50]陳寅恪在對錢柳著述“發覆”之後，肯定了柳如是乃一位具有民族大義，有氣節、有主見的忠烈才女。而柳如是被厚誣、封殺、訛傳、扭曲的生命形態，十分類似於現代中國翻天覆地的曆史進程中，中國文化自身的命運。因而陳氏的發覆祛疑工作，透過為錢柳二人辨誣洗冤的表象，暗含為中國文化現代曆史命運清洗煩冤、發覆祛疑的深意。隻是限於當時的環境，陳寅恪不得不隱晦地表明錢氏同樣是一個“反清複明”運動的中堅人物，而把主角和表彰的光亮更多地移於柳如是身上。
從《柳如是別傳》這部傳記大作中不難看到，陳寅恪把西方學術手法運用於研究之中的同時，特別注重首倡於清初顧炎武，而為後世樸學家奉若圭臬的“實事求是”精神。凡立一言，必不拘煩瑣地進行大量考證，甚至逐字逐句地排比考辨，而後歸納分析，得出結論。因了陳氏對西方學術研究方法的掌握和運用，比之於清代的傳統樸學更高一籌，也更具創新性和突破性。此種長處從兩個方麵可以明顯地看出：一是以詩證史，突破了傳統訓詁學沉溺於文字音韻的陋習；二是將具體的人與事的“發覆”，以宏觀的文化視野放在曆史長河大背景下縱橫考察對比，借此洞悉“大曆史”下人物活動與思想情感變化的幽微，而後從不易察覺或容易被人忽略的情感與事件中，反觀在曆史進程中所起的積極或消極的作用。在錢柳二人身上，陳寅恪麵對的是“衰柳枯蘭”、“殘山剩水”，生發出一股惜舊懷春的傷逝之情自屬當然。但這隻是漂蕩於微波之上的浮萍，在浮萍掩映下，則湧動著浩瀚壯闊的急流，隻有細讀陳氏全文並加以思考探究，方知作者立意深焉。
雖然，披尋錢柳之篇什於殘缺毀禁之餘，往往窺見其孤懷遺恨，有可以令人感泣不能自已者焉。夫三戶亡秦之誌，九章哀郢之辭，即發自當日之士大夫，猶應珍惜引申，以表彰我民族獨立之精神，自由之思想。何況出於婉孌倚門之少女，綢繆鼓瑟之小婦，而又為當時迂腐者所深詆，後世輕薄者所厚誣之人哉！